为了突出皇帝的至高无上与神圣性，一系列尊君卑臣之制陆续建立起来。“朕”原为第一人称“我”之代词，自秦始皇起始成为皇帝专用自称。皇帝车马衣服器械 百物称“乘舆”，所在之处称“行在所”，所居之地称为“禁中”或“省中”，所到之处称为“幸”，所用之印称为“玺”，死则称“崩”；臣民称皇帝为“陛 下”，臣民上书自称“昧死言”。皇帝命令也有若干专门名称，如“制书”、“策书”、“诏书”等。秦汉时，政府官文书中产生了抬头制度：凡遇到“皇帝”、 “诏”、“制曰可”等字样，要顶格书写。避皇帝名讳虽已出现，但此时尚未形成严格制度。与这些繁琐制度相应的，是一整套繁文缛礼的形成。始皇时，采纳六国 礼仪，制定尊君抑臣的礼仪。高祖初即位，群臣多出身亡命无赖之徒，不懂礼节，每每饮酒于殿堂之上，或争吵呼叫，或拔剑击柱。为改变此局面，刘邦命叔孙 通“制礼仪，以正君臣之位”。叔孙通以古礼及秦礼为据，制作新礼。初行新礼时，百官无敢欢哗失礼者，刘邦由衷感到“吾乃今日知为天子之贵也”（《汉书·礼 乐志》）。
——秦汉时代的政治制度皇帝还自称“受命于天”，藉此神化皇权。秦始皇据阴阳五行之学，改定正朔、服色、度数：以十月为每 年开始之月，衣服、旗帜等以黑色为尚，数字以六为纪（如以六尺为一步、符与法冠皆六寸等）。将黄河更名为“德水”，将“刚毅戾深，事皆决于法，刻削毋仁恩 和义”的政治方针，也说成是“合五德之数”（《史记·秦始皇本纪》）。
皇帝制度下，皇权至高无上。在立法、行政、司法、军事等方面， 皇帝拥有最终决定权。秦始皇事必躬亲，天下之事无论大小皆由其决断，每天要处理的文书重120斤，不完成此定额不休息。在当时人看来他的“勤政”，却是 “贪于权势至如此”（《史记·秦始皇本纪》）。一般来说，皇帝要掌握全国军政情况，根据所掌握情况做出决断，下达政令而由相关部门执行。因此，围绕着皇权 的行使、运作问题，一套行之有效的制度逐渐建立。具体地说，这套体系主要包括奏事、议论、监察等制度。奏事制度有面奏、书奏两种。前者主要是较高级别的大 臣、贵戚当面向皇帝奏事，以及皇帝临朝时在场官员向皇帝奏事；后者是通过文书形式向皇帝反映情况，不论是各级政府官员，还是一般吏民百姓，都可经此途径上 书言事。皇帝的答复或批示，通过不同形式下达。所谓议论制度，是说皇帝与参与决策及辅助决策的官员要经常开会集议，商讨处理国事的最佳可行办法，制定政 策、命令，由行政机关执行。议论主题相当广泛，如废立天子、法令更张、宗庙祭祀、爵赏刑罚、民族关系等。议论制度虽有一定合理成分在内，即臣下得以各进其 言供皇帝采择，皇帝因之能取众智之所长；但群臣之议仅是提供给皇帝决策参考，群臣所议合理者未必被采纳，采纳的又未必合理。朝廷论议与朝臣奏请相同处在于 两者都是臣下向皇帝贡献意见，辅助皇帝决策；不同处是，奏请是臣下主动向皇帝献议、谏诤，所言之事并无限制；朝廷论议是皇帝主动下事群臣，令其论议所下的 问题，故论题明确。臣下的奏请，皇帝常下群臣议论，议定各种意见后，又奏请皇帝裁决。奏请、朝廷论议，是皇帝决策的重要程序。监察制度是保障官僚体制正 常、有效运转的重要手段。除专司监察的御史大夫、御史府外，又有丞相司直、司隶校尉等；皇帝使者在巡行各地或参议政事时，也会行使一定的监察权。
皇位世袭而即位者未必贤能，依赖官僚行政制度成为必需。秦汉继承、发展战国以来之官僚制度，形成颇具特色且对后世影响深远的秦汉官制。
秦与汉初的中央行政架构，是以丞相、御史大夫和诸卿为主干。战国以降，官分文武，相为百官之长、位尊权重，直接听命于国君并向国君负责。秦汉之相，或称 相邦，或称相国，置二相时有左、右之分，如文帝时周勃为右丞相、为左丞相。通常所说的“宰相”，除辽代外，从来不是一个正式官名，而是指辅佐皇帝行使 权力、处理国家政务的主要官吏而已。大致来说，宰相必须拥有议政权和监督百官执行权。前者是指进宫谒见皇帝，共议国家大事，要对政策（行政、财政、军事、 民族等）和人事这两方面的大事出谋划策，辅助皇帝最后确定下来（包括对皇帝错误意见进行谏诤）。后者指经皇帝与宰相商议、形成决定后，宰相要监督百官执 行，包括对百官执行后的考课，以及由此奏行的黜陟、赏罚，等等。丞相属官主要是长史，总管丞相府诸曹；武帝时又置司直，主管检举监察。丞相府中处理具体政 务的，是名目繁多的诸曹掾史。御史大夫之位略次丞相，本来负责文书记事，皇帝诏令出自御史府而后达于丞相，此为御史大夫日常职掌的重心；御史大夫又掌管图 籍及四方文书，熟知法令制度，有“副丞相”之称，与丞相合称“两府”或“二府”；它还有考课、监察、弹劾百官职权，又为监察之官。御史共45人，其中30 人归御史大夫管辖，御史丞佐助，处理日常事务；御史机构另有御史中丞，居于宫禁（兰台）中，称“中执法”，掌管图籍秘书，视察各地、检举不法，领侍御史 15人，受公卿奏事，举劾案章。御史起草诏书的职责后归尚书，御史大夫渐失副丞相之权势。西汉末至东汉，御史大夫更名为司空，位列三公，职责也发生变化。 御史中丞变成御史台长官，号称“宪台”，成为专职的监察官。
丞相之下，诸卿分工承担各种具体政务。后人虽有“九卿”提法，实则秦汉并 无明确的“九”员规定，诸卿也不止九位。按《汉书·百官公卿表》记载，这一级别的官职有：奉常（曾改名为太常）负责宗庙礼仪，郎中令（曾改名为光禄勋）负 责宫殿警卫，卫尉（曾改名为中大夫令）负责统率军士、护卫宫门，太仆负责宫廷车马，廷尉（曾改名为大理）等负责司法刑狱，典客（曾改名为大行令、大鸿胪） 负责归顺蛮夷的民族事务，宗正负责皇族事务，治粟内史（曾改名为大农令、大司农）负责财政，少府负责皇帝私人财政，中尉（曾改名为执金吾）负责京师治安。 以上十卿为中二千石秩。
掌太子监护教导的太子太傅、少傅，掌宫殿修建的将作少府（曾改名为将作大将），掌皇后、太子家事的詹事，掌归顺蛮夷事务的典属国，掌上林苑财政的水衡都尉等官，秩皆二千石。
各卿官署中都有属官，如奉常属官有太乐、太祝、太宰、太史、太卜、太医等六令丞。秦、汉官制之关系，用汉人的话说是“秦兼天下，建皇帝之号，立百官之职。汉因循而不革”（《汉书·百官公卿表》），亦即“汉承秦制”。此后汉制颇有改易，武帝时变化尤大。
习惯上多称丞相、御史大夫及太尉为“三公”，但名副其实的三公实际出现于绥和改制时。改制前的三公是以丞相为主的阶段。秦是否有太尉尚无定论，西汉时太 尉一职又不常设，御史大夫的官秩又低于丞相，所以三者地位、权力并不平等。改制后至东汉末，是地位与权力平等、鼎立的三公阶段。成帝绥和元年（前8），御 史大夫更名为大司空，太尉改称的大司马，与丞相合而为三公。哀帝元寿二年（前1），以大司马卫将军董贤为大司马，丞相孔光为大司徒，御史大夫彭宣为大司 空，正式建立三公制。此前丞相辅佐天子、助理万机，御史大夫仅为上卿之副而非“公”；绥和改制后，丞相一人之下、万人之上的独尊地位，被三人的平起平坐所 取代。
东汉采用并坚持三公制，一是三公鼎立之制适合光武帝加强君权、削弱相权的需要，二是三公制适合提高统治效率、巩固王朝统治的需 要。东汉时期，三公分工及具体职责基本明确：太尉（即大司马）主要负责军事方面各项事务，及与之有关的官吏的考察、监督；司徒主要负责民事方面各项事务， 及与之相关的官吏的考察、监督；司空主要负责关于修堤、筑城等工程方面各项事务，及有关官吏的考察、监督。三公府内分曹办事，如太尉府有12曹，司徒、司 空府分曹更多，户、兵、金、仓等曹以政务性质命名，要较此前以奏、集、议、侍等由办事方式而来的曹名更清晰合理。
在注意秦汉中央行政 架构的同时，对中枢权势的分割、争夺也应关注。在以丞相为中心的行政时代，丞相位尊权重，对皇帝，甚至言所不当言。汉初自高祖至景帝时，丞相13 人，丞相例由功臣勋旧（约9人）及其子嗣（约3人）出任。许倬云：《两汉政权与社会势力的交互作用》，载氏著：《求古编》，新星出版社，2006年版，第 337~338页。丞相实际是掌握朝廷行政实权的大臣。窦太后想立皇后兄王信为侯，景帝说需要同丞相商量，商量的结果是丞相不同意，景帝默然且有沮丧之 色。武帝初，丞相田专横专断，举荐的官员或从平民直接任二千石高官，武帝愤愤不平地质问说，“君除吏尽未？吾亦欲除吏。”（《汉书·田传》）丞相权重 可见一斑。对强势统治者武帝而言，是不会容忍此种局面长存的。他一方面频繁任免丞相、对丞相动辄斥责甚至处死，一方面形成一个宫中决策的圈子——“中朝” （也称“内朝”），极大地削弱了相权。武帝临终时，任用霍光为大司马大将军，领尚书事，为内朝之主。丞相权力渐为低落，一种新体制初露端倪，即领尚书事体 制与将军（外戚）辅政体制。辅政将军未必是中朝官，一领尚书事即居辅政之位，成为中朝操持实权的人物。西汉后期的史高、王凤、等，东汉时的窦宪、邓 骘、梁冀、窦武等，都是以大将军或车骑将军等身份辅政。
辅政将军之所以权重，与领尚书事有密切关系。在“内朝”出现、发展的过程中， 主管文书传递的尚书之职逐渐显现。秦及汉初，各类奏请、言事文书送入宫后，先由御史中丞审查，再经尚书送交皇帝审批，审批后再下达有关部门（主要是丞相 府、御史大夫府）执行。以传递文书为职的尚书，武帝时职责始有大变化。武帝时，言事文书日多，军政奏请文书也大量增加，皇帝个人的精力、学识都难以应对。 据说武帝为审阅文书而信用近臣，领尚书事制度渐发展起来。西汉时，尚书本身的权势有限，但往往以诸将军、九卿、大夫等“领”、“平”、“视”之，“领尚书 事”者得以控制朝政中枢；东汉时，固定为“录尚书事”，且每帝即位辄置太傅“录尚书事”。与武帝时的领尚书事只有建议权而无决定权不同，昭帝时霍光以领尚 书事代表皇帝行使权力。领尚书事凭借先拆阅上书副本之权，将不利于己的文书屏去不奏，从而达到专擅朝政之目的；宣帝令群臣奏“封事”，打破霍氏专擅朝政是 重要目的之一。武帝时，宦官担任尚书者称中书，任尚书令者称为中书令；宣、元时，弘恭、石显相继任中书令，凭藉职务之便而专权一时。
成帝时，尚书组织扩大，并明确分曹。光武帝极力揽权，有意防范大臣并躬亲吏事，作为工具的尚书机构不断扩大。东汉尚书机构的长官为尚书令，副长官为尚书仆 射，协助令、仆射管理“尚书台”的有尚书左、右丞，还有六曹尚书等属官。六曹尚书分别是：吏曹，主公卿事，事涉选举；二千石曹，主郡国二千石事；民曹，负 责吏民上书；客曹，负责外国四夷之事；两个三公曹，一主州郡考课，一主断狱。尚书权势扩大，自西汉末就有“尚书百官之本，国家枢机”（《汉书·佞幸传》） 的说法，东汉时又有“虽置三公，事归台阁……三公之职，备员而已”（《后汉书·仲长统传》）之说法。事实上，东汉尚书权势虽扩大，三公之职亦绝非备员。尚 书与三公之间存在权力争夺、消长，但基本上维持着相互配合的关系，从而保证王朝统治机构更有效的运转。尚书本职仍是掌管文书及草拟诏书，也通过参与某些谋 议进行谏诤，保证皇帝决策之合理，并对一些官吏进行弹劾；三公参与谋议、决策之权受侵犯甚至严重侵犯（不仅尚书，更主要是外戚、宦官），制度上始终保存而 未废除，继续参与某些重大决策，握有日常统治事务中对百官监督、考核、年终受计、奏行赏罚等权力。
