司马曜的一生可谓传奇，首先是他的出生。司马曜的父亲司马昱四十岁的时候还没有立下合适的继承人，他又看不上已经出生的儿子们，便整日想方设法地生儿子。
后来是找了一个相士来给自己的妃子们看相，最后选中了司马曜的生母李陵容。李陵容不是一个美女，还长得黑黢黢的，但司马昱为了生儿子也管不上那么多了，就召其侍寝。
果然，李陵容如相士所言怀孕了。李陵容怀孕的时候常梦见双龙枕在她的腿上，就像她的孩子一样，后来，李陵容就生下了司马曜。
司马曜出生的前夕，李陵容又梦到有个神仙来跟她说：“如果你生下了男孩，你就要以‘昌明’作为他的字。”
司马曜出生的时候恰好是东方刚白之际，就以“昌明”为字。
他的父亲司马昱曾看见一句谶言：晋祚尽昌明，没想到这“昌明”竟然是自己的儿子，不仅悲从中来，痛哭流涕。
司马曜即位的时候是十一岁，没有理政的能力，况且朝中还有一个权臣桓温，司马曜就是一个傀儡皇帝。
司马昱死前留下了一道给桓温的诏书，内容是：若是司马曜当不好这个皇帝，你可取而代之。估计是司马昱也怕那句谶言应验，晋朝毁在司马曜的手中。
但是这道诏书却被王坦之给撕了，本来桓温就在朝中就如日中天了，你再留下这么一道诏书，我们王氏还活不活了，其他氏族不是要完蛋了。所以司马昱被迫把诏书改为命桓温摄政。
桓温确实不满足于摄政的地位，明明再往前走一步，他就可以登上帝位了。但是还没来得及行动，以王、谢为头的其他氏族联手粉碎了桓温想要篡位的阴谋，司马曜才能在皇位上稳当当地坐着。
司马曜在政期间做得最出色的一件事情就是在谢安的辅佐下打赢了淝水之战。
383年8月，前秦天王苻坚下诏大举进攻东晋，倾全国之力，率军90万，浩浩荡荡地向晋国进发。
而东晋抗敌的兵力总共才八万，苻坚知晓之后，满是鄙视，狂傲地说：“以吾之众旅，投鞭于江，足断其流”。意气风发的苻坚肯定没想到最后的结局是自己败了，仓皇而逃。
他本就对晋国有轻视之意，而且他所谓的九十万大军有些是被强征入伍的，军心不齐，最大的问题还是他竟派俘虏的晋国将领朱序去劝降晋国。
没想到朱序把秦国的部署统统告诉了晋国，这仗自然赢不了。在淝水的时候，谢玄用计使得秦军后退，没想到秦军一后退，晋军就打上来了。
秦军还以为自家输了，丢盔弃甲，四散而逃。这时，朱序作为晋国的卧底，充分地发挥了自己的作用，大喊：“秦军败了，秦军败了，赶快逃！”秦国在后方的军队一听，跑的更快了。
淝水之战胜了，最大的功臣当然是谢安。但是司马曜并没有给谢安封赏，场面一度很尴尬。因为司马曜已经不满足于当一个无作为的傀儡皇帝了，逼得谢安给出了手中大权。
司马曜实现了亲政，但是却不勤勉，整日沉溺酒色，最终害了自己。他有个宠妃张贵人，有次同张贵人在后宫中饮酒作乐，酒酣兴浓，司马曜就喝高了。
喝高了就对张贵人说：“你年老色衰，又没给我生下个一子半女的，白白占了一个贵人的位子。明天我就把你废了，另外找一个美貌的女子好好宠爱一番。”
酒后吐真言，张贵人一听，怒火中烧，看着司马曜醉醺醺的样子，就起了杀心。捏司马曜，竟然敢这么对我，还说明天要废了我，我这就让你见不到明天的太阳。
张贵人就把其他宫人给遣下去，又召来心腹宫女，趁着司马曜酣睡之际，用被子捂死了司马曜。
