相比于清朝皇帝后宫的妃嫔如云，同治帝的后宫并无几人，也许这是因为他年纪尚小的原因。他的妻子只有一位，即孝哲毅皇后，阿鲁特氏。
阿鲁特氏，为蒙古正蓝旗人，其父为清状元户部尚书崇绮。崇绮是清朝114名状元中，唯一一位以满蒙的族人身份，科举汉文，进而夺得状元之位，成为“惟一获得状元桂冠的蒙古状元”。他工诗善画，多才多艺，文化造诣极高。而阿鲁特氏作为他的女儿，出生清流，受父亲的教导和熏陶，文化修养也很高。史书记载：“孝哲皇后，幼时即淑静端慧，崇公每自课之，读书十行俱下。容德甚茂，一时满洲、蒙古各族，皆知选婚时必正位中宫”于同治十一年，慈禧封她为皇后。
这位皇后比同治帝大2岁，生于咸丰四年。这位多才多艺的姑娘，虽然由慈禧太后亲封为后，但实际上那只是慈禧太后迫于压力所为。所以孝哲毅皇后，阿鲁特氏，与自己婆婆慈禧太后的关系并不好。对于同治帝的死因，其中一种猜测便是，同治帝受太医医治渐好的时候，皇后前来探病。哭诉自己被婆婆苛责，同治皇帝劝她暂作忍耐，哪知被慈禧听了个正着。于是慈禧大步进来，拉着皇后的头发施暴，同治帝想要救助皇后，哪知跌落在床。等将太医唤来的时候，已是药石不进，最终身亡。虽然不知道此事的真假，但也可从中窥探出，慈禧太后与皇后的紧张关系。
阿鲁特氏是“辛酉政变”中被赐死的郑亲王端华的外孙女，本就不被慈禧所喜。而她又生性耿直，不顺从逢迎慈禧，使慈禧视若寇仇，时常刁难她。这位可怜的姑娘，忍受着婆婆的刁难，在丈夫死后不足白天，终于自杀于储秀宫，死后与同治帝同葬于惠陵。
《清宫词》里有一首诗，赞扬这位孝哲毅皇后，阿鲁特氏。
蕙质兰心秀并如，花钿回忆定情初。
珣瑜颜色能倾国，负却宫中左手书。
同治帝后妃列表
孝哲毅皇后，阿鲁特氏，蒙古正蓝旗人，其父为修撰、翰林院侍讲、封三等承恩公、累官户部尚书崇绮，祖父为副都统、前任大学士、军机大臣赛尚阿，郑亲王端华的外孙女，家世极为显赫。谥号：孝哲嘉顺淑慎贤明恭端宪天彰圣毅皇后。
“淑慎皇贵妃，富察氏，穆宗立皇后，同日封慧妃。进皇贵妃。德宗即位，以两太后命，封为敦宜皇贵妃。进敦宜荣庆皇贵妃。光绪三十年，薨。谥曰淑慎皇贵妃。”
“庄和皇贵妃，阿鲁特氏，大学士赛尚阿女，孝哲毅皇后姑也。事穆宗，为珣嫔，进珣妃。光绪间，进珣贵妃。宣统皇帝尊为皇考珣皇贵妃。孝定景皇后崩未逾月，妃薨。谥曰庄和皇贵妃。”
“敬懿皇贵妃，赫舍里氏，事穆宗，自瑜嫔进瑜妃。光绪间，进瑜贵妃。宣统间，进尊封敬懿皇贵妃。”
“荣惠皇贵妃，西林觉罗氏，事穆宗，自瑨贵人进瑨嫔。光绪间，进瑨妃。宣统间，进尊封荣惠皇贵妃和荣惠皇太妃。”
看同治帝死后，皇位是由慈禧太后从宗亲过继过来，便可以知道同治皇帝并没有留下后代。但实际上，同治帝也是有一个孩子的。虽然不知道是男是女，但未出世，便胎死腹中。同治帝死后，皇后有喜，但是那个时候，慈禧太后已经命人从宗亲处过继了一人，继任皇位。而这个时候，皇后腹中的孩子，地位就显得尤其尴尬了。如果是女儿还好，但万一是个儿子，这辈分该怎么算。可悲可叹，皇后腹中的孩儿发现的太晚，他出现的时机太晚，或者也可以说他的父亲去世的太早。总之，最后他没有得以见一见人世，就与自己的母亲和父亲一起，共赴黄泉。
