司马家的帝国寿命很短，因为内部反复倾轧和骇人听闻的贪婪腐败，这个昙花一现的大一统局面迅速崩溃。从近到帝国内部，远到欧洲腹地赶来了匈奴、氐、羯、鲜卑和羌等各路胡人，这些异民族纷纷拥入分崩离析的司马家地盘来分一杯羹，这就是著名的“五胡乱中华”事件。胡人的入侵给中华文明融入新鲜血液，为后来灿烂的大唐盛世埋下伏笔。可是在当时这一切美好远景都看不到，中原大地上只有残暴的异族军队对汉人，以及不同的异族之间反复上演血腥的大屠杀。这是一个混乱而又可怕的时代，五胡十九国立国时间都很短促，最短的只有3年，最长的也不过57年。而且并不全由五胡建立，也有汉人插足其间。忽兴忽亡，错综复杂。与此同时在南方则有东晋、宋、齐、梁、陈等政权出现。这种大分裂的局面将一直持续300年之久，中国才又复归于统一。
战乱频繁和各民族混居的局面为间谍们提供了优越的生存环境，在每一场大大小小的纷争中都有他们出没的身影，这一时期突出的特色是军事间谍居多。
357年，氐族前秦帝国的贵族苻坚闯进皇宫杀死自己暴虐的堂哥苻生，随后自立为帝。苻生是罕见的暴君，被他杀死的无辜之人不计其数，其中有他的妻子、舅父以及全部高级文官和军队将领。于是解释为何造反这件事，甚至并不需要动用苻坚手下的宣传班子去占据道德制高点。关于百姓对于这场政变的态度，从事后全国欢欣鼓舞的表现就可看出来。
苻坚是五胡十九国中最英明的君主之一，他任用平民出身的汉人王猛为宰相。整个国家在开明的治理下迅速强盛，一时间横扫中原，结束了北方的分裂割据局面。375年王猛去世，他临终时告诫苻坚说前秦的死敌不是晋帝国，而是杂处在国内的鲜卑人和羌人，他们的首领都在朝中掌握兵权，这是非常危险的，必须早日纠正。
但是苻坚把宰相的话当成了耳边风，他像之前所有的中原统治者一样渴望着全国的统一，他眼中的唯一目标就是躲在江南、偏安一隅的东晋。383年，苻坚命他的弟弟苻融率领步骑联合部队25万担任先锋，苻坚亲率步兵60万、骑兵27万的主力部队随后跟进，南下总兵力总共112万人。这是一个骇人的数字，据后世考证，112万纵使有所夸张，实际数字也不会少于60万人。苻坚征发了他的帝国中所有能用的人力物力，当先锋部队抵达东晋边境重镇寿阳时，后卫部队还没有开拔。
消息传到东晋首都建康后，大小官员们一个个面无人色，因为全国总兵力只有5万人，能够立即去援救寿阳的兵力只有水军5000人。前哨战的结果毫无疑问，秦军攻破寿阳，晋军退守硖石。苻坚非常高兴，他是一个仁慈的君主，于是派尚书朱序到晋军大营去劝降，时期最著名的间谍事件也由此出现。
朱序原本是镇守襄阳的东晋将领，379年前秦攻打襄阳，朱序苦战数月，城破被俘。苻坚欣赏朱序对东晋的忠诚，便任命他为尚书。当这位前秦尚书抵达东晋军营后，对故国的思念使他立即背叛了苻坚的恩惠。他告诉领兵的东晋将领谢石和谢玄说：苻坚的百万大军即将抵达，如果那时再战绝无希望。不如现在对秦军先头部队予以打击，如能获胜就会大大动摇秦军的信念。
谢石和谢玄与朱序经过一番商议后，对秦军忽然发动夜袭，大获全胜。秦军部队溃退，晋军乘胜在淝水东面的八公山上安营扎寨。前线战败的消息令苻坚大为震惊，因为此次倾全国之力而来，若不能胜则后患无穷。他和苻融一起登上寿阳城楼观察晋军的动静，一度把山上的草木错当成晋兵，这就是成语“”的由来。
谢石派人告诉苻融：“你们领兵深入当然为了求战，现在隔河相峙岂不有失初意。请向后稍退，让我们渡河决战。”强敌当前之下，弱小的一方竟敢主动渡河挑战，这是何其疯狂的做法！苻坚告诉苻融说：“等他半渡，我们用铁骑冲击，使他无一人生还。”于是，答应谢石的请求，下令退却。秦军一开始后撤就陷入混乱之中，因为人数太多，部队完全失去了次序。谢石乘着敌人汹涌后退之际，毫无困难地渡过淝水，闪电般展开攻击。苻融亲自出马，绕着大军边沿掠阵，企图阻止他的军队后退，可是坐骑忽然栽倒，竟被乱兵践踏而死。朱序乘机在后高呼：“秦兵大败了！”秦军至此完全混乱崩溃，几十万人互相践踏着向北逃命。苻坚随着乱军逃走，几乎被流箭射死。
这是中国历史上著名的以少胜多的淝水之战，秦军不是战败而是退败的。因为前秦是个短暂统一起来的多民族国家，在没有凝聚力的情况下一遇到挫折便如雪崩般倒塌了。苻坚是个品格高尚的皇帝，他没有理会王猛临终时严防鲜卑、羌的劝告，在他的国家里尽量做到了各民族一视同仁。然而在他失利之后，鲜卑族和羌族的大将们立即背叛了他。385年，仓皇逃亡中的苻坚被背叛他的羌族大将姚苌擒获，姚苌在勒索皇帝印玺不得后将坚缢死。20年前，是苻坚从刑场上救下了即将被暴君苻生处决的姚苌。当忘恩负义的姚苌杀死苻坚时，连羌族的士兵们都忍不住为昔日的皇帝哭泣。
此后北方在相当长时间内再无力量发起统一战争，间谍朱序的一声吼叫竟然令中国的统一进程延后了200余年。淝水之战十年后，回归东晋的朱序去世，被追赠左将军、散骑常侍。
