秦始皇陵中秘密众多，谜团一就是秦始皇陵到底有多深多大？司马迁在《史记》中对于秦始皇陵第一次明确记载，他对秦始皇陵的深度描述成“穿三泉”，秦始皇陵是一个“竖穴式”的墓穴，与穿三泉这种说法也是有一定的呼应关系。《汉阳仪》中则写秦始皇陵“已深已极”。从他们的描写中我们观察到有一个共同点就是“深”，李斯对秦始皇禀告说秦始皇陵已经挖到了不能再挖的地步了。
正是因为这种记载引起了很多历史学家的兴趣，丁肇中就开始用现代技术对秦始皇陵进行了推测，他最后得出始皇陵可能有500至1500米深。但是如果真的有这么深，就超过了陵墓位置与北测渭河之间的落差，会使陵墓中的积水难以排出，还会使水倒灌进秦始皇陵中。然后考古学家们就对秦始皇陵进行了钻探，结果得出秦始皇陵远没有那么深。从坑口到底部一共也才26米，在秦代的那个年代估计也就37米左右。
谜团二就是修建秦始皇陵的封土是从哪里运来的？秦始皇陵的封土十分坚固，用炸药都难以撼动，它是由方夯白灰、砂土、黄土掺合成的三合土，又用糯米汤浇固，加了铁钉。这样一来，盗墓贼想要进去就不容易了。可是秦始皇陵这么大，仅仅是已经发现的三个陪葬坑都已经如此巨大了，真正的墓中心岂不是更大。这么大的秦始皇陵得需要多少的封土呀！据探测封土堆呈覆斗形，高76米，长和宽各约350米，这种规模的封土堆堪称国内之最。《史记·秦始皇本纪》中记载封土的出处是“复土骊山”。《正义》中又说“谓出土为陵，即成，还复其土，故言复土。”意思就是挖出来的土，又给它填上去。就是说没有从别的地方运土过来。
谜团三是《汉旧仪》中秦始皇下令“旁行三百丈”，这句话到底什么意思？公元前210年，李斯给秦始皇说已经挖了很深，快到地底了，然后秦始皇就回了他这句话。地宫的位置难道不在封土下？可是考古学家勘测出来地宫就在封土堆下，也没有移位啊！然后考古人员又开始在秦始皇陵封土周围的地区勘测，结果在距离封土堆700米左右的地方发现了重力异常的地方，这些考古人员就推断这个地方应该就是最开始秦始皇陵的挖掘地，由于遇到了石头挖不下去了，所以改了方向和位置。
谜团四是《史记》中记载秦始皇陵地宫里面“上具天文，下具地理”，这就让人感到奇怪了，怎样才能将天象和地理搬到陵墓中呢？在距离秦朝年代不远的汉代的墓中发现了有壁画的痕迹，因此就有人推测秦始皇陵中的上具天文很有可能就是将日、月、星象图画在或者刻在秦始皇陵的墓顶上。
谜团五是关于秦始皇陵中到底有多少宝贝？司马迁说：“奇器珍怪徙藏满之”，而在司马迁之前刘向也说过：“自古至今，葬未有如始皇者也”。项羽大军三十万人拉了整整一个月都没能将始皇陵中的宝物搬尽，可见秦始皇陵中宝物众多。传闻秦始皇从继位之初就开始广泛搜罗天下间的奇珍异宝，然后他会将这些宝贝放在秦始皇陵中。
谜团六是秦始皇陵中的安全警备的问题，一直有传言说是秦始皇陵中设置有很多机关，贸然闯入者多无法全身而退。其中这些机关中又数射箭的机关最为出名。《史记》中记载“令匠作机弩矢，有所穿进者辄射之”。
谜团七是地宫里面是否还留有空间，这个可以根据李斯的一句话来解答，李斯曾经对秦始皇说过：“凿之不入，烧之不燃，叩之空空，如下无状”，他是秦始皇陵的负责人，既然他都这样说，那必然不会差到哪里去的。
