在崇祯时代担任政府高级官员，尤其是那种独当一面的高级官员，并不是一件愉快的事情。崇祯朝非正常死亡的高级官员，远远多于中国历史上的其他时代，如熊廷弼、王化贞、杨镐，他们要么死于当权者制造的冤狱，要么死于崇祯的一纸诏书，要么死于事败后的畏罪自杀。但是，与一代名将袁崇焕之死—凌迟而死相比，他们的死已经算得上非常体面、非常人性化了。
袁崇焕是广东东莞人，另一说广西藤县，可能因为生得黑瘦矮小，崇祯曾亲切地称他袁蛮子。像明朝的大多数官员一样，袁崇焕也是通过科举考试进入仕途的，他是万历四十七年进士，同年被授福建邵武知县。万历四十六年，努尔哈赤发表七大恨宣布与明朝誓不两立，它像一座城市的地标，乃晚明的标志性事件：对袁崇焕来讲，意味着这位固执自负的南方人，即便身处远离辽东数千公里外的福建做地方官，却依然在处理钱粮与诉讼之余对辽东边事无限关注。《明史》称袁崇焕为人慷慨富胆略，好谈兵……以边才自许。后由于御史侯恂的举荐，知县袁崇焕被破格提拔为兵部职方主事。
崇祯元年（1628年）四月，崇祯任命袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽，兼督登、莱、天津军务。七月，经过几十天的长途跋涉，袁崇焕从家乡来到了熟悉的北京城，崇祯立即在平台召见。然而，此次平台召问，再次暴露了袁崇焕的性格弱点，他不假思索的豪言壮语，成为日后遭受极刑的诱因之一。崇祯礼貌地和袁崇焕略事寒暄之后，就迫不及待地问袁崇焕：建部（后金）跳梁已有十年，封疆沦陷，辽民涂炭。卿万里赴召，忠勇可嘉，所有平辽方略，可具实奏来！袁崇焕回答：所有方略已另写奏本。臣受皇上知遇之恩，召臣于万里之外，倘皇上能给臣便宜行事之权，五年而辽东外患可平，全辽可复。
这肯定是第一个在崇祯面前为平定辽东定下日期的能吏。一听说只要五年时间就能化解辽东大麻烦，被汹汹天下搞得焦头烂额的崇祯喜悦之情溢于言表，一旁陪同接见的内阁重臣们也莫不欢欣鼓舞。然而，也有人对袁崇焕的五年计划表示怀疑，此人就是兵科给事中许誉卿。他趁崇祯接见中途回后宫休息的间歇，悄悄问袁崇焕有何方案，然而袁崇焕的回答大出许誉卿的意料，聊慰圣心耳！许誉卿闻言大惊，提醒袁崇焕：皇上英明至极，你岂可浪对？到时按期责功，你怎么办？
当崇祯再次回到平台时，袁崇焕立即对五年计划提出了相当的条件：第一要户部保证钱粮;第二要兵部保证武器;第三要吏、兵二部保证给他用人上的主动权。对这些近乎苛刻的条件，崇祯一一应允，并赐给他先斩后奏的尚方宝剑，而正是这把令人望而生畏的尚方宝剑，后来断送了袁崇焕的性命，也在某种意义上断送了大明的江山。
曾亲历过甲申之变的明季文人张岱对这次平台召问和袁崇焕本人的悲剧性格作了深入的剖析：袁崇焕短小精干，形如小猱，而性格躁暴，攘臂谈天下事，多大言不惭，而终日梦梦，堕幕士云雾中，而不知其着魅着魇也。五年灭寇，寇不能灭，而自灭之矣。张岱的评价略显刻薄，却基本符合历史事实。知识分子出身的袁崇焕尽管久在沙场，过着铁马甲衣的行伍生活，但仍然有着知识分子特有的夸夸其谈、好为大言的特性。这样的知识分子，对国家和君主的忠诚无可置疑，对所负责任也竭尽全力，但却无法掩盖一个铁定的事实：他们往往有志大才疏的嫌疑。他们过于相信自己的忠心与赤诚能够挽狂澜于既倒，却不知道大厦将倾时已是独木难支。更何况，手捧尚方宝剑，在崇祯热切的期望里远赴辽东的袁崇焕面对的是一个极其麻烦的烂摊子。
首先是钱粮。尽管衮衮诸公都清楚要想马儿跑就得让马儿吃草的浅显道理，但守卫辽东的将士却长年领不到军饷。因此，几乎横贯了晚明军史的主线就是缺饷的士兵不断哗变、逃亡。就在袁崇焕赶往辽东之时，辽东最高行政首长毕自肃和总兵朱梅等人被缺饷四个月的士兵抓住后打得血流满面，毕自肃获释后，愤而上吊自杀。袁崇焕到任后，朝廷的确给辽东拨发了部分军饷，但与巨大的开支相比，仍属杯水车薪。袁崇焕不得已向崇祯上书，要求崇祯能把内帑用于辽事，否则兵变还会不断发生。而崇祯最恨大臣们提议动用他的私房钱，哪怕这私房钱是用来保卫他们朱家的江山和朱家的性命。
所以，可以想象，袁崇焕的提议根本不可能被崇祯采纳，反而还会在崇祯心里投下第一道不满的阴影。
其次是坐大于皮岛的毛文龙已成尾大不掉之势。处理毛文龙问题的轻率与专断，在很大程度上促成了袁崇焕的悲剧命运。
皮岛又称椴岛、东江，是位于渤海中的一座长15里、宽10里的岛屿，与鸭绿江口的獐子岛和鹿岛遥相呼应，呈三足鼎立之势。由于皮岛地处当时的后金、朝鲜和明朝的辽东、山东登州、莱州之间，战略位置十分重要。毛文龙原是杭州的一个无业游民，30岁时经其舅父推荐给辽东巡抚王化贞，很快脱颖而出，一直升到副总兵。此后，他率军进驻皮岛，利用该岛的交通要枢条件，召集流民，通商开发，几年间就使该岛遂称雄镇。皮岛地处后金海上咽喉之地，当明军在辽东的几座重镇相继失守后，皮岛的战略意义更加突出。
应当说，毛文龙尽管有过杀良冒功的行径，但他治理的皮岛对后金仍是极大的牵制，朝廷包括对政事一向不感兴趣的天启都充分认识到了这一点，不仅把他提升为总兵，还多次派人前往慰问。对毛文龙的作用，翰林院编修姜曰广认为：建州之有东江，犹人身之有蚤虱也。撮之则无处著手，听之则吮肤而不宁……使无东江，则彼得用辽人耕辽土矣。也就是说，毛文龙像叮附在后金身上的一只跳蚤，虽然不至于使后金为此丧命，却可以不断地骚扰它，使它不得安宁。但坐镇一方的时间稍长，这只跳蚤就变得不那么容易控制了，朝廷上下开始对毛文龙由腹诽到口诛笔伐，而毛文龙也的确由于久镇一方而变得骄横不法：
其一，他几乎把皮岛的驻军变成了毛家军—军中担任要职的，大多是他的子侄或义子，将领全部姓毛;
其二，他虚报兵额20万，其实不到5万，其他十几万人的军饷，大多落入他的私囊;
其三，他利用皮岛地处海上要冲的优越地理位置，向来往商船征税，而这并没得到朝廷的授权。
袁崇焕对毛文龙的这些不法情况了如指掌，而且，这位有道德洁癖的忠臣在还没有正式接触毛文龙之前，就已经定下了应对之策。还在京城期间，阁臣钱龙锡问及如何处理和毛文龙的关系，袁崇焕脱口而出：可用则用之，不可用则杀之。不难看出，驱使他这样做的并不是个人私利，而是个人的道德好恶。他看不惯毛文龙的骄横不法，更看不惯毛文龙对朝廷诏命的阳奉阴违。但无论如何，毛文龙罪不致死，更何况，大敌当前，毛文龙也算是独当一面的方面大员，如此草率地加以杀戮，袁崇焕何其失策。
果然，袁崇焕到任后，和毛文龙关系极为紧张。他首先派官员到皮岛对毛文龙的经济进行审计，接着又宣布海禁，不许商船径直开往皮岛。这第二招颇为毒辣，其直接后果就是使毛文龙原本十分丰厚的税收从此颗粒无收。毛文龙当然不愿就此服输，他多次上书崇祯，但崇祯态度含糊，不肯表态。奏章中，毛文龙悲愤地说：诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室。以后发生的一系列变故证明，毛文龙这一介武夫的激愤之语并非虚妄之词，只是那时的变故，不仅毛文龙看不到，袁崇焕也看不到了。
袁崇焕上任伊始，首先对付的竟然是自己人毛文龙，这是很令人惊讶的事情，隐约透露出这位以忠勇自诩的高级将领，大概也信奉攘外必先安内的信条。毛文龙不愿服输，袁崇焕理所当然地认为这就是不可用，既然不可用，那么就要杀之。
