朱元璋死后，皇太孙朱允炆即帝位，以第二年（1399）为建文元年。为了推行自己的新政，建文帝首先对中枢权力机构进行了调整。他以兵部侍郎齐泰为兵部尚书，翰林修撰黄子澄为太常卿，还将方孝孺提拔为翰林侍讲，大为重用。随后，他又陆续推出了一系列改革措施，其主要内容有：省刑减狱；均江浙田赋；调整政府官僚机构。尤其是后者，建文帝在位期间始终没有间断过，调整涉及到官制的许多方面。其中极为重要的有两项：首先，省并州县，革除冗官冗员；其次，更定内外官制。把尚书的品秩由正二品提高到正一品，这就在一定程度上缓和了封建最高权力机构的畸形特征及内部的不平衡现象。建文改制虽仅进行了4年，但仍取得了显著的成绩，明朝史学家朱鹭称之为"四载宽政解严霜"。
朱标
朱标（1355～1392），明太祖朱元璋长子，被立为太子。洪武二十四年（1391），朱元璋命他巡视陕西，以确定是否要以长安为都城。朱标奉命前行，回来以后献上了陕西的地图。不久，朱标不幸染病，他在病中还屡次提出自己关于建都西安的建议。洪武二十五年（1392）四月，朱标抱病而终，迁都长安之事也随之被搁置下来了。
建文改制是明惠帝、方孝儒等人推行的改革，主要改善太祖重武重军事的政策，提升文人政治、削除藩王势力。
背景明惠帝受方孝儒的影响，悉去太祖苛酷专滥之政，减轻江浙重赋，开广言路，虚心纳谏；并且在黄子澄与齐泰协助之下实施削藩政策。建文帝的改制大多是托古改制，具有理想性质。在继位诏书中宣布要推行"维新之政"，使明朝达到"雍熙之盛"。继位后随即召回在汉中的方孝孺，任翰林院侍讲；洪武31年六月任齐泰为兵部尚书、黄子澄为太常寺卿，参预国事。明惠帝在位四年，推出不少有利国计民生的政策，只是削藩政策的失败让建文朝最后灭亡。
内容文官制度改革洪武时期，武官地位最尊，事务官其次，文官又次之，主要受元朝重武轻文的影响。《大明律"卷二"吏律》即提到"文官不许封公侯"，这使得当时文官最高爵位只能到伯爵，即汪广洋和刘基两人，而李善长是因为事务官（武勋）的缘故而得以册封公爵。朱元璋废行中书省与丞相后提高六部的地位，然而六部尚书（部长）的品秩仅为正二品，五军都督府是正一品衙门，最高的文官也比最高的武官低一品。
明惠帝继位后，建文元年二月即接受方孝孺等人的建议，按照周礼更定官制。对官制改革主要在三个方向：更改部分官署设置与名称，提高文官地位，扩大翰林文职的编制以加强文官在政府中诏询谏诤的功能。具体内容为：
升六部尚书为正一品，设左右侍中，位于侍郎之上。
改都察院为御史府，都御史为御史大夫。
罢十二道为左右两院，左曰拾遗，右曰补阙。
改通政司为寺，大理寺为司。
詹事府增置资德院。
翰林院复设承旨，改侍读、侍讲学士为文学博士。
设文翰、文史馆，分别下辖侍读、侍讲和修撰、编修、检讨。
去掉殿、阁大学士的"大"字，各设学士一人。
改谨身殿为正心殿，增设正心殿学士一人。
仿周礼更定其他内外大小衙门品级。
此外，撰礼制颁行天下。虽然实际上这些属于不急之务，但方孝孺志在复古，惠帝支持之。
之后，又将地方的左右布政使裁一人，只设布政使，由从二品升为正二品。建文四年二月再次更定尚书以下勋阶。
这些改制后来都成了燕王朱棣造反的借口，朱棣即位后全部改回洪武年间的制度。虽然武官的品秩仍比文官高，但由于从明仁宗起战争减少，且内阁的设立导致文官势力变强，最终仍形成了明朝以文制武的现象。
宽政减刑明惠帝自幼熟读儒家经书，所近之人如方孝儒、黄子澄等人多怀理想主义，性情因此与其父朱标皆以宽大著称。为皇太孙时，曾向太祖请求修改《大明律》，参考《礼经》及历朝刑法，修改《大明律》中七十三条过份严苛的条文，深得人心。即位后推行宽政，其年号建文有别于其祖父的洪武，他不想仿效祖父以严刑峻法治国。《明史"刑法二》记载"元年刑部报囚，减太祖时十三矣"，囚犯 人数减至洪武时期的三成左右。
除刑法宽松外，惠帝还颁布了一系列有利于民生的政策，如：
洪武三十一年八月，规定凡全家人都在兴州、营州、开平（均为北方卫所）当兵的，放一人为民；全国所有卫所，凡独子当兵者，放为民。
数次免除地方租税、欠赋。
令地方照顾老弱病残和鳏寡孤独者，重农桑，兴学校等。
建文二年正月减免江浙一带极重的田赋，但成祖即位后废除此令，赋税再次变重。
削藩政策明太祖为巩固皇室，大封宗室为藩王，各拥私人护卫军队。明惠帝即位后即推行将兵权收回朝廷的政策，下令各王国的地方文武官员听朝廷节制，以避免尾大不掉，威胁中央政权。明惠帝的削藩政策主要由齐泰、黄子澄推行，先后废黜周王、齐王、湘王、代王及岷王；然而由于过晚处理最强大的燕王朱棣，引发燕王先发制人，于建文元年（1399年）七月在封地北平以"靖难"为名，举兵叛变，史称靖难之变。[9]战争结果，惠帝战败失踪，朱棣即位为帝。
建文二年八月，依方孝孺建议，改宫门名称。午门改为端门，端门改为应门，承天门改为皋门，前门改为路门（一说辂门）。 成祖即位后改回原名。
结果建文改制一方面对武官的利益多有触动，故在改革时多少受到了勋臣们的阻碍；
另一方面其成果因为靖难之变而大打折扣。由于明惠帝与方孝儒专心于托古改制的不急之务，在削藩方面没有马上针对燕王朱棣，促使朱棣发现危机，并且以"更改祖制"为由发起靖难之变；战争开始后惠帝又一再在军事上犯 错，使得政府军节节败退，最终战败。朱棣攻入南京之后称帝，即明成祖。明成祖为了证明自己的皇位合法性，以抹除篡位的污点，将建文年间改变的制度几乎全部恢复为洪武旧制；并且革除建文年号，将建文四年的记事改沿用洪武年号记录。此外还将钱粮、兵马以外所有榜文奏书尽数烧毁，并修改太祖实录（以及自己的出生记录），粉饰靖难之变叛变夺位之实。
