499年孝文帝去世后由宣武帝继任。他沉迷佛教，国政大乱，贵族竞相奢侈。孝明帝继任后，由胡太后执政。胡太后奢侈，私通清河王元怿并宠信元叉、刘腾。元刘二人因与清河王不合而叛变，并掌控朝政。刘腾去世后，到525年孝明帝与胡太后方平定乱党。但胡太后依旧如故，并与孝明帝不合。而后北方发生六镇民变，北魏走向灭亡之路。
早在北魏初年，为了避免柔然入侵北都平城，于阴山黄河一带设置沃野、怀朔、武川、抚冥、柔玄及怀荒等六镇来拱卫首都。六镇将领由鲜卑贵族担任，将士多是鲜卑族或汉族的高门子弟。他们被视为「国之肺腑」，可随时返京任职。但在迁都洛阳后，六镇地位下降。由于仍保有鲜卑原始习性，被汉化的贵族歧视为「代北寒人」，将领升迁备受压抑，心怀不满。最后北方贵族与屯兵于523年发生六镇民变，秦陇、关东等地各族人民也陆续起事。此事历经三年方定，并形成许多军阀。其中以镇守晋阳的尔朱荣的势力最大，他曾攻灭关东势力最大的葛荣。
孝明帝意图联合尔朱荣对付胡太后，但被胡太后毒死。胡太后先后立孝明帝独女敬哀公主及堂侄元钊为帝（即幼主）。同年尔朱荣以替孝明帝报仇为由，率军攻占洛阳，掌控朝政，史称河阴事变。他在河阴将北魏幼主和胡太后沉入黄河溺毙，杀死大臣两千余人，改立孝庄帝，尔朱荣则于晋阳遥控朝政。孝庄帝愤为魁儡，于530年在尔朱荣晋见时亲自杀掉。而后尔朱荣之子尔朱兆及从弟尔朱世隆拥长广王元晔为帝，攻下洛阳后杀孝庄帝，改立节闵帝。同年军阀高欢于信都拥元朗为帝，并在532年攻下洛阳后，改立孝武帝。
孝武帝为其所制，有意联合关中镇将贺拔岳对付高欢。高欢先发制人，于534年杀贺拔岳。孝武帝则任宇文泰代之，并与高欢决裂，投奔宇文泰。高欢追之不及，改立清河王世子善见为帝，即东魏孝静帝，迁都邺城。孝武帝西奔后不久被宇文泰所杀，改立南阳王宝炬为帝，即西魏文帝，定都长安。北魏于534年分裂成东魏及西魏后灭亡。
总括而言，孝文帝死后，由于部分守旧贵族和鲜卑武人的反对。北魏统治者逐渐废弃了以前的民族和解政策，又恢复了鲜卑族的特权，于是新的矛盾产生了，北魏开始逐步走向衰落。孝明帝正光四年（523年），六镇起兵，北魏陷入分裂和内战。给中国历史吹入融合新风的鲜卑族逐渐融入到中华民族的大家族中。不久，连鲜卑族姓氏也烟消云散。但企盼民族大融合的孝文帝的美好意愿却在中华民族的历史长廊中镌刻出不可磨灭的丰碑，昭示出中华民族大融合的历史性进程。
北朝崇尚汉族文化，为后世的隋唐盛世奠定了基础，在中国历史上，也是有着很重要的地位。
