南朝政区承袭东晋，实行州郡县三级制。而侨州郡县及双头州郡也因为土断而变成一般州郡。自东汉末期实施的州郡县三级制，到隋平南朝陈后改为州县二级制而结束。南朝的州设刺史，郡设太守，只有丹阳郡因为是首都所在地而设尹。县设令、长。自宋以后，令多於长。与郡同级的有王国和公国，设内史和相。还有特为习称蛮民及僚族、俚族等少数民族设置左郡、左县和僚郡、俚郡。例如有南陈左郡、东宕渠僚郡等。当时州郡县有等级之分，大致上以距离首都远近为品级高低之分，诸州佐吏则按州的等级设置官员。扬、荆二州还有「二陕」之称呼。
南朝疆域方面，南朝宋继承东晋疆域，基本上为二十二州上下。河南地于太初四年（422年）之后逐渐被北魏并吞，改以淮水为界。南朝齐基本上同南朝宋为为二十二州上下，可是相继失去雍州沔北及淮南豫州之地。南朝梁时州郡设置和疆域变化很大，因北伐获得淮北之地，一度达河南地。又开拓闽、越、平俚洞，破柯。到539年共有大小不一的一百零七个州。侯景之乱后，北齐占领江北淮南之地，西魏占领汉中巴蜀。西魏又受萧之托，率军夺下南朝梁江陵以北之地，建立附庸国西梁。南朝陈成立后国土不多，至569年开始陆续收复淮南及部份淮北之地，并且一度夺下北周长江以北之地（573年―577年）。到陈末时受北周入侵使得国土减少，仅剩长江以南至交广地区。
北朝政区承袭西晋与十六国，如同南朝一样为州郡县三级制。然而州辖区不大，州刺史可越郡级直接管理县，使得郡级逐渐虚级化，到583年隋朝正式定为州县两级制。北魏也设有侨州郡县和双头州郡（如南雍州），并将州郡县按人口数分等级。为了防范新附或异姓叛变，于406年将各级行政长官分立三位，其中州刺史方面须一位为宗室。北魏原设有负责地方军政的行台及管理数州军事的都督。到北齐定为行台制，北周则为总管制，都是负责数个州郡军事与行政的政区单位。北齐因为州辖区越分越细，于是设置行台兼管数州民政及军事。西魏则改称都督为总管，性质同北齐行台。北周时，总管一般兼任驻州刺史，并以所驻之州为名。北魏还特为鲜卑本族或其他民族（汉人除外）设置领民酋长来管理该族，地位只次于州刺史。又延续十六国政区，设有管理州境内其他民族的护军。其地位等同郡守，至457年废除。还有镇戍制，于重要的军事要地设镇。镇由镇将管理，下置戍，由戍主管理。其中又以巩固首都平城的六镇最重要，至孝文帝迁都后势微。六镇民变后，北朝的镇戍专管军事，不再具政区性质。
北朝疆域方面，北魏自代北之地（今山西省北部）崛起，至439年统一华北而结束十六国时期。其屡次入侵南朝宋，占领山东、河南与淮北地。又取南朝齐淮南地及南朝梁汉中、剑阁一带。至此疆域北至漠南草原，西抵西域东部，东达辽西，南达江汉流域。在扩充领土期间，州郡多因时制宜，到487年开始整顿。到北魏孝明帝之后领土减少，州郡滥置。魏分东西后东魏有八十州，西魏有三十三州。北齐建立后，开始整顿政区规划，废除三州、一百五十三郡及五百八十九县。北齐江淮之地后被南朝陈占领。西魏屡次攻占南朝梁巴蜀之地与江汉之地。北周武帝灭北齐，取南朝陈江淮之地，领土大大扩充。到隋高祖开皇八年（588年）11月时南征南朝陈，开皇九年（589年）3月底统一南北。
