桓玄（公元369- 404年），字敬道，桓温之子。桓温死后，谢氏当政，继以司马氏振兴皇权之举，桓温兄弟辈桓豁、桓冲相继去世，桓氏尽失桓温时逐步控制的各州镇。由于桓温曾有篡位的活动，其子侄辈在政治上的出处极为尴尬。桓玄在兄弟之中，最受桓温喜爱，临死让这个妾所生的儿子继承南郡公的爵位。桓玄23岁时才得以出仕，后任义兴太守，因不得志，弃官归南郡（治今湖北江陵市），上书朝廷，称其父有大功于晋室，而 自顷权门日甚，丑政实繁，咸称述时旨，互相扇附，以臣之兄弟皆晋之罪人。
桓玄虽受朝廷排抑，但其父辈在荆州经营30余年，根基雄厚，荆州一带的人亲附桓氏，并不看重朝廷任命的荆州刺史。殷仲堪任荆州刺史时，曾打算诛除桓玄，却不敢下手，后接受桓玄建议，连兵东下，反对执政司马道子， 匡辅朝廷。隆安二年（公元398年），殷仲堪与桓玄、杨期于浔阳结盟共抗朝廷时，新任江州刺史的桓玄被推为盟主。次年，桓玄举兵西进，击杀雍州刺史杨期，驱逐荆州刺史殷仲堪，东晋朝廷被迫任命他为都督荆江司雍秦梁益宁八州及扬豫二州八郡诸军事、江州刺史，桓玄又擅自以其兄桓伟为雍州刺史，桓氏又尽据上游，势力范围达到距建康不远的芜湖附近。桓玄于是蓄积力量，阻断长江，禁止商旅船运，建康所依赖的财源之地浙东又经孙恩起兵后破坏，致使士卒只能以糠皮橡籽为生。
元兴元年（公元402年）正月，孙恩基本上被镇压后，司马元显控制的东晋朝廷下诏指斥桓玄罪责，司马元显就任征讨大都督，都督十八州诸军事，令镇北将军刘牢之率北府兵为前锋，进击桓玄。桓玄也抗表朝廷，传檄四方，历数司马元显罪恶，举兵东下。刘牢之惧败桓玄后不为司马元显所容，遂接受桓玄策反，举军投附桓玄。三月，桓玄率军进入建康，总掌朝政，分桓氏子弟各据州镇，司马道子、司马元显父子及其党羽被贬黜杀戮。司马道子父子执政时被压制的门阀士族人士受到重用，因此他们希望桓玄能稳定垂亡的东晋政权，保护他们的家族利益。史称： 自祸难屡构，干戈不息，百姓厌之，思归一统。及玄初至也，黜凡，擢俊贤，君子之道初备，京师欣然。 ①而桓玄本人立志要取代门阀士族分享政治权益的东晋政权。元兴二年八月，桓玄自称相国、楚王，加九锡。十二月，逼晋安帝司马德宗让位于己，将他迁往浔阳，自立为皇帝，改元永始，以楚为国号。门阀士族仍联袂登朝，分据政治要津。
桓玄收买北府兵主帅刘牢之，顺利地取得东晋朝政后，竭九要消灭桓氏历来忌惮的北府兵。他以桓修为徐兖二州刺史，镇京口，将刘牢之调任会稽内史。刘牢之愤而欲聚北府兵反击桓玄，但其旧将僚属因他多次反复于执政者之间，而桓玄贬逐司马道子等后，颇受士家大族拥护，大都不从。结果刘牢之与北府兵旧将高素、竺谦之、孙无终等相继被杀，北府兵作为一个军队建制不复存在，但其遗存势力却成为消灭桓玄，进而取代东晋开启新朝的政治基础。
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