谜团一：秦始皇灵魂仍可统治一切？
众所周知，秦始皇一直想要长生不老。传言一说秦始皇曾多次派人四处求取仙丹，而且令人惊奇的是，仙丹最终找到了！但是，秦始皇发现，他必须在继续当皇帝与长生不老之间做出选择。于是，他以出巡为借口诈死，其实，他至今依然生活在华夏大地之上。
传言二说秦始皇死后躺在纯金打就的棺材里，在水银的河上飘来飘去，并且秦始皇遗体完好无损，用灵魂统治着一切。
据1974年春季发现了秦始皇陵以来，几乎整整40年过去了，国家从来没有要开棺的意思，是否是有人在发掘过程中发现了有关秦始皇的惊天内幕？或者上面有人在刻意隐藏我们不为人知的真相？这一切的一切我们都不得而知。
谜团二：秦陵暗藏“九层妖塔”？
坐在飞机俯视秦陵封土，可以清清楚楚地看见一个正方形锥体，所以美国人叫它“黄土金字塔”。其实美国人错了，秦始皇陵不是三层台阶式“覆斗形封土”，而是建造在九层夯土之上的中华土木大金字塔，甚至比埃及胡夫金字塔更大。
还不仅如此，秦陵地宫也是一个同等规模的“倒金字塔”。更让人难解的是，封土台九层夯土似乎暗合了“九层妖塔”之说，这在世界上是绝无仅有的。
“九层妖塔” 虽是小说之言，但是空穴来风。《老子》讲哲学以建筑作比喻，有“九层之台，始于垒土”之说，可见在春秋就有“九层之台”建筑了，可惜还没有发现东周“九层之台”遗迹。秦始皇是个怪人，他在地宫修建30米高楼，仅仅是供灵魂出游地宫的，至于地表造“九层妖塔”之谜，看来要求救考古发现了。
谜团三：地宫深几许？
据最新考古勘探资料表明：秦陵地宫东西实际长260米，南北实际长160米，总面积41，600平方米。秦陵地宫是秦汉时期规模最大的地宫，其规模相当于5个国际足球场。通过考古钻探进一步证实，幽深而宏大的地宫为竖穴式。司马迁说“穿三泉”，《汉旧仪》则言“已深已极”。说明深度挖至不能再挖的地步，至深至极的地宫究竟有多深呢？
尽管这一推断悬殊太大，但却首开了利用现代科技手段探索秦始皇陵奥秘的先河。国内文物考古、地质学界专家学者对秦陵地宫深度也作了多方面的研究探索。根据最新钻探资料，秦陵地宫并没有人们想像的那么深。实际深度应与芷阳一号秦公陵园墓室深度接近。
这样推算下来，地宫坑口至底部实际深度约为26米，至秦代地表最深约为37米。这个数据应当说不会有大的失误，这是依据目前勘探结果推算的。但是否如此尚有赖于考古勘探进一步验证。
谜团四：地宫设有几道门
秦陵地宫门道数量问题，其实《史记》中似乎早有答案。只是未引起学者们的重视罢了。《史记》清楚的记载：“大事毕，已藏，闭中羡，下外羡门，尽闭工匠藏，无复出者。”棺椁及随葬品全部安置放在中门以内。
工匠正在中门以内忙活，突然间“闭中羡门，下外羡门。”工匠“无复出者”，也成了陪葬品。这里涉及既有中羡门，又有外羡门，其中内羡门不言自明。地宫三道门似乎无可辨驳。
值得注意的是司马迁中羡门用了个“闭”字，外羡门则有了个“下”字，说明中羡门是可以开合的活动门，外羡门则是由上向下放置的。中羡门可能是横向镶嵌在两壁的夹槽中，是一道无法开启的大石门。内羡门可能与中羡门相似。三道羡门很可能在一条直线上。
