努尔哈赤打败叶赫、哈达、乌拉等九部联军，布占泰被俘。努尔哈赤一直想分散各部势力，将布占泰释放，还拉拢布占泰，将自己的侄女嫁给了布占泰。布占泰也礼尚往来，将自己的女儿嫁给了努尔哈赤的弟弟，还将自己的侄女阿巴亥嫁给努尔哈赤。
阿巴亥嫁给努尔哈赤时才十二岁，阿巴亥七岁时父亲便去世了，由叔父布占泰抚养。努尔哈赤比阿巴亥大三十一岁，年龄虽然相差很大，努尔哈赤却分外宠她。两年后，努尔哈赤的第三任大妃（皇太极母亲）病死，十四岁的阿巴亥被册为大妃。由于努尔哈赤盛宠阿巴亥，阿巴亥在接下来的几年里为努尔哈赤生下第十二子阿济格、第十四子多尔衮、第十五子多铎。
阿巴亥所生的三个儿子中，努尔哈赤最喜欢多尔衮。随着阿巴亥地位的提高，她也越来越受人嫉妒。公元1620年，努尔哈赤的小福晋德因泽揭发阿巴亥与大贝勒代善有染。说阿巴亥多次给代善送饭，还经常派人到代善家中，好像在密谋什么事情;阿巴亥在宴会上与代善眉目传情;阿巴亥还多次深夜出宫，行踪诡秘。
努尔哈赤知道后，极为震怒。努尔哈赤不愿家丑外扬，以阿巴亥私藏宫中财物为由剥夺了她大妃的名号，贬居郊外。代善也就此失去努尔哈赤对他的信任。很多史学家认为，这一切都是皇太极指使的，因为这样既除掉了代善，又除掉了多尔衮兄弟。
公元1621年，努尔哈赤拿下辽阳城，又记起阿巴亥，将她接回身边，恢复她的大妃之位。公元1626年，六十八岁的努尔哈赤率十三万大军攻打由袁崇焕镇守的宁远城，身受重伤，大败而归。之后又率军出征蒙古，胜利回师。但好景不长，努尔哈赤很快病势加重，到清河温泉疗养。
短暂疗养后，努尔哈赤觉得大限已到，准备返回盛京，召阿巴亥一起随行。行至沈阳二十公里的鸡堡时，努尔哈赤病逝，时年68岁。努尔哈赤临终前，让十四子多尔衮继位，代善辅政。这样的结果遭到众贝勒质疑，因为当时只有阿巴亥在努尔哈赤身边，没有其他人为她作证。阿巴亥传达的遗命被众贝勒全盘否定。
努尔哈赤死后的第二天，以皇太极为首的贝勒们传努尔哈赤遗诏，要阿巴亥殉葬。此时的阿巴亥正值盛年，不愿殉葬而死。就算要殉葬也轮不到阿巴亥，因为殉葬要符合两个条件：一个是死去的人割舍不下爱妻，另一个是没有未成年的儿子。阿巴亥论出身、地位，都不该殉葬，更何况多尔衮和多铎都还未成年。
但阿巴亥还是没能逃脱这场劫难，她在众贝勒的紧逼之下，最终自缢而亡，时年37岁。除了阿巴亥，还有两位小福晋也一同殉葬，其中一个还是当年揭发阿巴亥的德因泽。为什么德因泽也会跟着殉葬，很多人认为是皇太极想杀人灭口。阿巴亥死后，获益最大的就是皇太极，皇太极的嫌疑也最大。
等后来多尔衮得势时，追封母亲为孝烈武皇后，为母亲平反。多尔衮病逝后，顺治帝又废去了阿巴亥的封号，连神牌也从太庙撤出。好悲剧！
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