拓跋嗣继位前后，北方刘屈孑（赫连勃勃）、南方刘裕同时崛起，这两个人及其后人将来都给北魏带来大麻烦。
姚兴极力扶植刘屈孑，令其收集旧部，为后秦北面屏障。但刘屈孑是个白眼狼，杀死岳父没弈干，吞并多兰部，背叛后秦，改名赫连勃勃，自称大单于，大夏王，姚兴从此陷入与赫连勃勃的苦战之中，因此主动向拓跋嗣抛去了红线，要结婚姻之好。真是此一时彼一时，当年，拓跋低三下四前来求亲，姚兴留马扣使，鼻子不是鼻子眼不是眼的，而今却沦落到这个份上。
415年，姚兴女兴平公主来到平城，与拓跋嗣完婚，夫妻恩爱。后来，姚氏铸金人不成，不得为皇后，并于结婚五年后病故，拓跋嗣十分惋惜，追封为皇后。
西平公主到平城不足一年，姚兴病死，姚泓继位，姚氏子弟多有不复者，内讧大起，赫连勃勃趁机南侵，擒杀姚军都，遂据雍，抄掠城。
刘裕见机大喜，决定发动第二次北伐，平灭后秦。刘裕是这一时期的第一牛人，少年贫苦，以贩卖草鞋为生，399年应征入伍，在镇压孙恩的战事中崭露头角，表现出非凡的军事才能。403年，军阀桓玄杀入建康，废白痴晋安帝司马德宗，自称大楚皇帝。404年，刘裕与刘毅、何无忌等二十七人在京口起兵，次年击溃桓玄，迎晋安帝复位，自此大权在握。410年，刘裕进行第一次北伐，一举消灭了南燕，慕容超被押送建康，斩于菜市口，鲜卑慕容部建立的政权自此全面谢幕。411年，又镇压了神棍卢循的造反，413年，又派兵西攻谯纵，收复了巴蜀。
东晋义熙十二年（416年）八月，刘裕出兵讨秦，五路并进。第一路是先锋主力，由龙骧将军王镇恶与冠军将军檀道济率领，从淮北直扑许昌、洛阳方向;第二路是偏师，由新野太守朱超石、宁朔将军胡藩率领，自襄阳向北，攻略南阳，这两路的战略目的是尽收黄河之南。
第三路是诱敌之师，兵力很少，但声势造的很大，由振武将军沈田子、建威将军傅弘之率领，自襄阳向西北挺近，进攻武关（今陕西商州附近），威胁关中，使后秦主力不敢东出潼关，救助中原。待收复中原之后，第三路待机再动。
四路、五路为水军，建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率领第四路，出石门（今河南荥阳西北），自汴水入黄河，保障先锋军团的粮草后勤。由征虏将军王仲德统领第五路，开通巨野泽（今山东巨野北），率舟师自泗水入黄河，巡视河防，防止北魏干涉。高手出招，法度森严，无懈可击，这样的战略部署，是东晋历次北伐最高峰。
刘裕自己驻扎在彭城，总督五路，待北魏态度明朗之后，再行西进。
王镇恶是前秦名相王猛之孙，前秦灭亡后移居江南，刘裕委之以先锋之任，王镇恶慨然发誓：我若不能攻克关中，誓死不渡江回乡！
王镇恶与檀道济所向披靡，连战连捷，秦军望风而降，顺利攻克许昌，擒获后秦颍川太守姚垣及大将杨业。沈林子的一路水军进入黄河后，得到了襄邑（今河南睢县）豪强董神虎的协助，很快就攻克仓垣（今河南开封西北）。
从巨野进入黄河的王仲德水军溯河而上，一路无阻。当时，魏军占据黄河以北，只有滑台（今河南滑县）一城孤悬在黄河南岸，滑台守将是北魏的兖州刺史尉迟建。尉迟建见晋军水陆并进，声势浩大，吓得心惊胆战，弃城北渡黄河，王仲德兵不血刃，白捡了一座滑台城。
拓跋嗣与西平公主新婚燕尔，见后秦有难，岂甘心袖手旁观？最关键的是，拓跋嗣担心刘裕行假途灭虢之计，顺道攻打北魏，因此立即派叔孙建、公孙表引军南下，先杀了畏敌如虎的尉迟建，然后渡河兵临滑台城下，质问王仲德为何入侵魏国。
关于与北魏的关系，刘裕在出征之前就定下基调：全力灭秦，暂不惹魏，先礼后兵，因此王仲德让司马竺和之在城头答话：刘太尉借道黄河，只是想到洛阳清扫先帝皇陵，并无针对魏国的军事行动，魏军自己弃城而去，我们也倍感意外。王征虏（王仲德）只是借空城稍做停留，很快就将西进，你们何必扬旗鸣鼓、虎视眈眈呢？
刘裕比王仲德还能装，亲自给北魏河北镇将于栗写了封信：黑矛公阁下，本太尉的敌人只是姚秦，仅仅是借道黄河，没有别的企图，请勿忧虑。
我们现在看到的《魏书》，实际上已经对北魏人名做了改动，姓氏按照太和改制之后的姓氏，名字一般取鲜卑本名的一个音节，或者另取新名。如刘库仁，实际的姓名为独孤没根（独孤改为刘，没根急读作库仁）。我们前面分析过的叔孙建，实际叫乙旃幡能健（《宋书索虏传》：虏又遣楚兵将军徐州刺史安平公涉归幡能健，涉归是个官号，拓跋的鲜卑名就是涉圭，慕容的父亲也叫涉归）。
为了保留原名，《魏书》创造性地将原名记作小名或字，如拓跋，字涉圭。拓跋嗣，字木末，小名叫托腿锢（可能有个S字尾音被省略了）。
在改制之前，这些人物的名字都是用的鲜卑本名，拗口得很，南朝人多不能记，于栗（读作于利弟）的汉化名字尚如此怪异，鲜卑本名不定是神马火星呢，以致刘裕的信都不好写，听说这家伙好使用一杆黑矛，得！干脆称他为黑矛公。帐下书记皆大笑，这几乎与绿毛龟是同类。
黑矛公于栗收到刘裕书信，不敢自专，派快马送至平城，然后筑垒于河上，亲自守焉。禁防严密，斥侯不通。刘裕越不让担心，他越担心。
北魏君臣就刘裕的黑毛信展开热烈的讨论。
有人说：函谷、潼关号称天险，一夫当关万夫莫开，刘裕些许步兵水师，岂能得过，北上登岸，则极其容易，刘裕必然是以讨秦为名，北上攻魏，此不得不防。
拓跋嗣赞同，有人却表示反对：刘裕五路齐出，战意决然，如果我们悍然拦截，乃是代人受兵，引火烧身，如此则姚秦无事我们却白挨一顿打，不值！
有人分析得很中肯：黄河千里，处处可渡，一旦开战，实在防不胜防。先帝建功立业，都是主动出击，至于防守，实在不是魏军所长。且晋军已占青州，到时候，刘裕自彭城北进，中原晋军自荥阳渡河，恐怕恒山以南，不复为魏国所有也！
拓跋嗣不能决，回到后宫，西平公主哭哭啼啼，哀求救助后秦。女人最有力的工具就是眼泪，拓跋嗣决定发兵阻击刘裕。又有人扯着拓跋嗣的袖子进谏：军国大事，岂顾婚姻，酬一女子之惠哉？
拓跋嗣很为难，转问老臣崔宏。崔宏说：论战用谋，臣不如犬子崔浩，可招崔浩来问。拓跋嗣召见崔浩，拜为博士祭酒，赐爵武城子，这是崔浩进入北魏中枢之始。
崔浩多谋善算，学究天人，白皙高大，颜如美妇，常自比张良，并自称在某些方面还超过张良，但就是没学会张良的韬晦之计。听完拓跋焘的苦恼，崔浩微微一笑，献计道：陛下勿忧！刘裕暂时不敢两线作战，我们不如不予理睬，纵之西进，待刘裕与秦军主力接火后，我们兴兵塞其东归之路，迫使刘裕做出抉择。
就当时的形势而言，崔浩的计策是最佳选择，如果拓跋嗣采纳崔浩之计，刘裕将陷入两面受敌之地，如果不愿两线作战，只能黯然撤军。拓跋嗣没有崔浩的脑子，也没有他儿子拓跋焘的雅量，听说崔浩懂《易经》，知《洪范》，因此只让崔浩给他算卦解惑，并不用其经国之计，最终还是派司徒长孙嵩督山东诸军事，又遣振威将军娥清（原名拓跋娥清，亦是北魏宗室，后来在攻灭北燕之战中导致冯跋逃跑，被拓跋焘贬为门卒，开除出宗室，因此搞得有名无姓）、冀州刺史阿薄干（姓阿伏，名薄干），率步骑十万屯驻黄河北岸，加上叔孙建、公孙表、于栗的军队，近二十万魏军夹河死守，摆出一副阻止晋军西进北上的架势。
任你有雄兵百万，岂能吓到气吞万里如虎的刘裕，刘裕留子刘义隆镇守彭城，以左将军向弥为北青州刺史，镇守（今山东茌平西南），威胁魏军侧背，然后亲率水军自淮、泗入清河，转巨野泽逆黄河西上。
北岸魏军大惊，便以数千骑兵随刘裕水军西行，不时袭扰，从岸上放箭。刘裕派人上岸还击，魏军立即退走，奔入营垒。等晋军登船，魏军复来，晋军纤夫只能在南岸拉纤，因此船行甚缓。刘裕大怒，派督护丁（此人是刘裕的贴身卫士，力大无穷，南朝乐府歌谣中有《丁督护歌》数首，即言此人也）率七百人登岸，在距水百余步处，列战车百乘，布下弧形的车阵。此阵两头抱河，形似新月，故名却月阵，这是刘裕的新发明，乃以步兵反制骑兵的神来之笔。
