四江口战役结束后，清廷下令李鸿章率领淮军乘胜追击，进捣昆山，借此巩固松沪门户，打通进攻苏州的道路，防止太平军救援天京。
从兵法上来讲，乘胜追击也不为过，但李鸿章认为这是孤军深入，将把淮军置于危险的境地。因为太平军虽然在走下坡路，但势力还不小，架子还没倒；而且上游诸军的攻剿还没有得手，无法对太平军形成前后夹攻之势，所以李鸿章不敢贸然前进。
当然，李鸿章也不能这么闲着傻等。在静观西线战局，等待时机之际，他采取"剿抚兼施"的策略，加紧对东线太平军进行分化瓦解的工作。
其实，早在李鸿章到达上海之前，上海官绅就同暗藏在苏南太平军内部的徐佩缓、钱桂仁、李文炳、熊万荃等串通一气，妄想里应外合，攻占苏常和嘉兴地区。李鸿章到达上海后，策反活动照旧进行，徐佩瑗、钱桂仁等也希望改换门庭，投靠在他的麾下效力。
1862年底，徐、钱等人遵照李鸿章的指示，密谋叛乱。李鸿章还派部将周兴隆潜入常熟，企图给太平军以致命一击，但被谭绍光察觉，逮捕了徐佩瑗。
钱桂仁闻讯赶来救应，并企图把李秀成骗到常熟杀害。不料，他的亲信部将骆国忠为了夺取"首功"，于1863年1月在常熟抢先发动叛乱。
谭绍光督兵进剿，李秀成也调集援军，亲临督战，包围常熟，并夺回福山等沿江口岸，截断了从常熟通向上海的清军水陆交通。骆国忠死守求救，李鸿章虽然调动淮军主力会同常胜军攻占福山，但仍无力解除常熟之围。
从2月起，李鸿章率淮军伙同"常胜军"以上海为基地，向西进攻，遭遇到太平军将士的英勇抵抗。
就这样，貌似陷入了僵局，李鸿章的策反计划也要泡汤了。但由于李秀成遵旨挥军渡江"进北攻南"，陈炳文率部回救杭州，致使谭绍光被迫撤军。
虽然太平军将士英勇抵抗，但最终寡不敌众，常熟叛变，福山陷落，这大大地改变了苏南战场的形势。因为常熟为苏州饱源，福山为江海门户，易守难攻，能保住常、福，即是进取苏常的根本。
太平军节节败退，形势一片大好。接下来，李鸿章继续摆出了他的招牌动作进攻，下一个目标就是太仓。
从地图上可以看出，太仓、常昭、昆新呈现三足鼎立之态，太仓位于常昭、上海之间，控制着常昭的后路。如今太平军控制着太仓，就从根不上切断了上海与常昭之间的陆上通道。淮军若想进取昆新，西攻江阴，楔人锡金，逐步包围苏州地区，就必须拿下太仓。所以，李鸿章对太仓虎视眈眈，决定凭借武力强行夺取，命四弟李鹤章率军攻打太仓，没想到遇到太平军守将蔡元隆顽强抵抗。
仗打了两个多月，还是不见分晓，双方在兵力、粮饷上都消耗巨大。这仗要是再这么耗下去，肯定会把太平军拖垮，但淮军也不会有好果子吃。
就在李鸿章无计可施之际，从太仓城内传出了一个好消息：城内粮食已经所剩无几，太平军准备归降淮军。
真是久旱逢甘霖，天助淮军也。
最终，蔡元隆准备在4月26日归降，李鹤章大喜过望，如约而至。26日正午时分，太仓城门洞开，数千太平军出城准备投降。李鹤章刚要入城，突然城外一片混乱太平军援军到了。
李鹤章回过神来，知道中计了，急忙下令撤兵，但为时已晚。太平军里应外合，大败淮军，主帅李鹤章虽然腿部中枪，但很幸运地捡了一条命回来。
智者千虑必有一失，没想到处于绝境的太平军还会使诈。
太平军诈降取胜的消息让李鸿章恼羞成怒，于是，调集淮军主力和常胜军疯狂进攻，要不惜一切代价攻占城池。不仅要为屈死的淮军将士报仇，更要找回丢失的面子。
淮军的炮火虽然很猛烈，但太平军殊死抗拒，屹立不动。
后来，太仓城内的太平军不仅缺粮，而且四周城墙全部被淮军的炮火轰塌了，眼见城池不保，便在5月初选择了主动撤退。
就这样，经过一番苦战，李鸿章终于率领淮军攻下了太仓。
