关于朱元璋的死亡时间，有各种说法，一是洪武31年（1398年）闰五月初九，一说是闰五月初五，一说是闰五月十七日等。为什么会有这么多种说法，表面的原因是史书上记载多模糊。按说这是很清楚的事情，为什么史书上要写得模糊？这与朱允给朱元璋选择下葬时间不当，嫌其太速，事理有不尽然者，为掩人耳目，故意混淆是非。确实，如果根据《明皇大政记》等史书的记载，堂堂一位开国之君，死后几天即下葬了，这正常么？所以，朱棣在听说侄儿把他老子匆匆埋了后，十分恼火。这为以后篡位找到了第一理由。
现在史学界大多认为，朱允确实是速葬了朱元璋。那朱允为什么敢冒天下之大不韪？有史书上称，这是朱元璋自己选择的时间，故即位而葬，同日并举，皆高皇遗命，正以速葬消诸。而秘史更称，朱允实际上在即位的前一天，即闰五月十五日把朱元璋给下葬了。这里说明朱元璋担心自己死后出乱子，留下遗言要朱允从速办自己丧事的。
那决定下葬又发生了什么？这同样是一个谜团。在南京民间，连小孩子都知道这样的传说，朱元璋下葬那天出现了迷魂阵，就是南京的十三个城门同时出殡。此说法史书有记载，为什么要这样？
原来，在葬后不久即传出，朱元璋不是葬在明孝陵，而独葬朝天宫（就是今天南京王府大街向南千米的朝天宫，具体地点是世传三清殿下为明祖真葬处。）
朝天宫，宋代时为天庆观、永寿宫。朱元璋定都南京后，改为朝天宫，那时百僚朝贺习仪于此。葬在朝天宫这种说法，倒是给朱允速葬朱元璋、大摆迷魂阵、十三个城门同时出殡找到了合理的解释和可能性，但后世好多学者都不信。清代文人甘熙就不认可，其所著的额《白下琐言》称，朱元璋花了几百万两的银子，造了十几年，总不应该为马皇后一个人造的吧。而且，朱允是很讲孝道的一个仁义皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外的地方啊。后来又传出，朱元璋不是葬在明孝陵，也非朝天宫，离开了南京城，选葬在北京的万岁山。后经考证，这是以讹传讹，不可信。甘熙即说，万岁山在燕京，其时方以会葬不从，兴师靖难，焉有奉移梓宫不远数千里而往之事？笔者也这样认为，如果真是这样，朱棣造反第一理由又从哪来？
朱元璋到底是否真的葬在明孝陵内，现在并没有学者能说一定二字。孝陵博物馆工作的中山陵园管理局文物处副处长廖锦汉先生称，在明孝陵申遗之前，中山陵园管理局曾专门请南京大学等相关的技术、史学专家，经数年科学探测、考古，证明明孝陵地宫未曾被盗，完好无损。后来相关专家表示，1998年开始，江苏省地震局工程研究院的专家在宝城内，采用无损磁测法，已经明确发现在宝顶地下深处有一个面积达数千平方米的建筑空间，而且还找到了进入这个空间长达百米的通道（墓道）走向和入口，无疑宝顶下存在的这个巨大建筑空间可能是明孝陵的地宫，而地宫的入口就在明楼东侧十几米处呈下沉错位、有裂口的宝城城墙下面。但这并不能证明朱元璋的尸骨就在地宫中，真相恐怕只有等到挖开明孝陵的那一天才能最终揭开！
