秦始皇在咸阳宫摆设酒宴，七十位博士上前献酒并颂祝寿辞。博士齐人淳于越认为，凡事应师法古人才能长久。而丞相李斯则反对取法夏、商、周三代，认为“从前诸侯并起纷争，才大量招揽游说之士。现在天下平定，法令出自陛下一人，百姓在家就应该致力于农工生产，读书人就应该学习法令刑禁”。他请求始皇下令禁止私人办学，并“让史官把不是秦国的典籍全部焚毁。
除博士官署所掌管的之外，天下敢有收藏《诗》、《书》、诸子百家着作的，全都送到地方官那里去一起烧掉。有敢在一块儿谈议《诗》、《书》的处以死刑示众，借古非今的满门抄斩。官吏如果知道而不举报，以同罪论处。命令下达三十天仍不烧书的，处以脸上刺字的黥刑，处以城旦之刑四年，发配边疆，白天防寇，夜晚筑城。所不取缔的，是医药、占卜、种植之类的书。如果有人想要学习法令，就以官吏为师。”秦始皇于是下诏焚毁各类典籍。
焚书的第二年，有两个方士卢生和侯生，平日很得秦始皇的信任。他们背后议论指责秦始皇，说他凶残好杀。一天晚上，这两人弃官逃跑了。秦始皇知道了这件事情后，非常生气，便把咸阳几百名书生都抓起来拷打、盘问。这些书生刚开始都大喊冤枉，等被打得一个个皮开肉绽时，被迫屈打成招。秦始皇命令把这些书生全部处死。公子扶苏替他们求情，反而被秦始皇大骂了一顿。监斩官看到秦始皇怒气冲天，就把这些书生全部赶到一个深坑中，用石头把坑填满，将这些书生活活坑埋了，总计有四百六十多人。
坑杀了咸阳的四百六十多个书生后，秦始皇暗想着要把天下的书生全部杀掉，斩草除根，不留遗患，但又怕书生逃跑，秦始皇就想了个计策。他命令地方官员，访求各地的有名的书生，送到京城以待录用。不过几个月，各地方就送来了七百多个想当官的书生。秦始皇命这七百多人都为郎官，这些书生非常高兴。
这年冬天，有人报骊山的马谷中硕果累累。大家都觉得很奇怪，秦始皇就让这七百多书生去马谷看一看。这七百多书生到了马谷一看，果然有几个瓜果，新鲜得很。大家正在议论时，就听一声爆响，随后石头像雨点一样从谷上落了下来，瞬间，这七百多书生就被砸死在马谷。而所谓的瓜果，是因为马谷地下有温泉，所以四季如春。秦始皇密令心腹，先在谷内种瓜果，后来还真的结了果实。这些书生就这样全部屈死在马谷中。这就是历史上有名的“焚书坑儒”。
