据说，成吉思汗在临终前曾交代，他死后秘不发丧（为了避免军心涣散），并且要遵从祖先留下的丧葬风俗。当时蒙古的丧葬习俗大致如此，蒙古贵族死后，将其埋葬，但不起坟头，再用许多马匹将埋葬之地踏平。然后当着母骆驼的面将小骆驼杀死，并淋骆驼血在这片墓地上，还要派上干骑兵来守护此地。等到第二年春暖花开之时，墓地上长出茂盛的草木之后，骑兵才会撤走。这样一般人看到的只是茫茫的草原或者森林，根本不知道墓地的具体位置。如果亲人想要祭奠，就拉着那只母骆驼来引路，如果母骆驼在一片地方驻足并悲鸣，这片地方就被视为先人的墓地。
成吉思汗下葬后，他的墓地变成了一片森林。据说当时守护墓地的1000多名骑兵和造墓者都被杀死了，为的就是不泄露成吉思汗陵墓的位置，以免打扰他安息。后来，在那只母骆驼死后就没有人知道其墓地的确切位置了，这也就成了一个干古之谜。现在位于内蒙古自治区伊金霍洛旗甘德利草原上的成吉思汗陵，也并非成吉思汗的真正陵寝，而是一座衣冠，其中并无成吉思汗的遗体。
不过，经过专家们多年来的探索和研究，对成吉思汗真正的葬身之处，大致有以下五种说法。
第一种说法，成吉思汗葬在了今蒙古国境内的肯特山南麓。依据是有关史料记载，成吉思汗在生前的某一天，曾经静坐在肯特山上的一棵树下沉思，后来突然起身站立，对随从说:“我死后，就将我葬在这里。“另外，在南宋的一些文人的笔记中也有记载:成吉思汗病逝后，他的遗体被运送到了漠北肯特山下的某个地方，然后挖坑深埋，万马踏平。
第二种说法，成吉思汗真正的墓地在新疆北部的阿勒泰山上.据《马可.波罗游记》记载:在把大汗的灵枢运往阿勒泰山的途中，护送的人将沿途遇到的所有人都作为殉葬者。另有史料记载说，成吉思汗在临终前曾命令属下将其灵枢运回蒙古安葬。这样看来，其遗体很有可能就安放在阿勒泰山上.
第三种说法，成吉思汗的遗体被葬在了宁夏境内的六盘山。依据是成吉思汗攻打西夏时死于六盘山附近，按照蒙古族当时的习俗，人在去世三天内就要下葬，以防止尸体腐烂，灵魂上不了天堂。成吉思汗死在了七月，那时正值盛夏为了避免尸体腐烂，成吉思汗就地安葬的可能性还是非常大的。
