农民起义军主力是红巾军，最初的组织者和领导者是韩山童和刘福通。他们以宣传白莲教的形式进行活动。 韩山童在准备起义中被捕殉难。1351年，刘福通在颖州（今安徽省阜阳县）发动起义，起义者头裹红巾，故称红巾军。红巾军发展很快，连续攻下今河南省一些 县城，淮河流域和大江南北响应的人很多，达到十余万。
1355年，刘福通攻占了亳州（今安徽省亳县），立韩林儿为小明王，建国号为 宋。同年，顺帝下诏，富民能自集丁壮5000名者授官为万户，500名者为千户，100名者为百户。这是号召各地组织地主武装来对抗农民军。沈丘（今属河 南省）的蒙古人察罕帖木儿和罗山（今属河南省）的汉人李思齐纠集的地方武装，发展成为红巾军的顽固敌人。
1357年，刘福通分兵三 路，进行北伐。东路由苏北渡海，占领山东，进入河北，威胁大都。中路渡过黄河，进攻山西，克大同，破上都，达辽阳。西路进入陕西，连破四川、甘肃，到达宁 夏。刘福通本人于1358年攻占开封。接着，宋也迁都开封。这是北方红巾军最兴盛的时期，已把元在北方的统治力量基本打垮。但红巾军的作战，多是采取流动 形式，不大注意后方建设和各部队相互间的联系，而在胜利后又发生内部争吵，并且对于新发展起来的地主武装缺乏应有的警惕。所有这些缺点，都容易被敌人钻空 子。1362年，红巾军的三支队伍都失败了。刘福通在开封受到察罕帖木儿的围攻，撤到安丰（今安徽省寿县），于1363年力战牺牲。小明王韩林儿，为朱元 璋接到滁州（今安徽省滁县）居住。
当北方红巾军节节胜利的时候，南方的农民起义军也在摧毁元的统治，其中主要的有徐寿辉的队伍。他受 到弥勒教首领彭莹玉的推戴，于1351年在蕲州（今湖北省蕲春县）起义，后来攻占了今湖北、湖南、江西、安徽、浙江及四川等省的很多地方。1360年，徐 寿辉为部将陈友谅所害，这支队伍发生了分裂。还有张士诚的队伍，于1353年在泰州起义，攻占了高邮，后来攻占了苏州、杭州一带地区。1357年叛变降 元。徐寿辉和都属于红巾军系统，而张士诚不属于红巾军。
1352年，濠州（今安徽省凤阳县）郭子兴起兵响应刘福通。朱元璋投奔 郭子兴，得到很大的信任。1355年，郭子兴死，他就成为这支起义军的领袖。第二年，攻下集庆（今南京），并以此为根据地，逐步向外扩张。他接受了地主阶 级政治家战略家李善长、等的献策，不止要夺取元的政权，而且要统一全中国。他利用元无暇南顾的机会，首先在南方下手。1363年，朱元璋大破陈友谅。 陈友谅中流矢死。1367年消灭张士诚。他又抓住元领导集团内部纷争的时机，立即挥师北伐。第二年，朱元璋军入山东，平河南，攻占河北诸地，直逼大都。元 顺帝北逃，元亡。
红巾军的斗争口号是“摧富益贫”，要以“杀尽不平”来实现太平。这仍是北宋以来“均贫富”口号的延续，只是这时带有民族斗争的色彩。元的统治最后结束在朱元璋手里。但朱元璋在他逐步取得胜利的过程中，也就是向封建政权转向的过程中，农民起义就完全变质了。
