尽管蒙哥最终坐上了大汗（皇）位，但是黄金家族内部不和谐的因素，由于蒙哥突然的离世，又一下子闪现出来了。
拖雷系王子们的内战，是后来黄金家族在中亚混战的序曲。
拖雷有七个儿子，其中和索鲁忽帖尼共同生育的蒙哥、、旭烈兀和阿里不哥四个儿子，更是黄金家族中的“翘楚”，别人无法望其项背。蒙哥1251年— 1259年在位，忽必烈则是蒙哥或者说黄金家族法律意义上的继承人，也是蒙古帝国和中国“二位一体”的大汗和开国皇帝，旭烈兀则是以今天波斯、伊拉 克、北非、高加索地区和小亚细亚为主的伊儿汗国开创者，是蒙元帝国的藩属国之一，阿里不哥虽然最后被亲哥哥忽必烈抓获后幽闭而死，但也曾在哈拉哈林短暂称 汗。所以，拖雷和索鲁忽帖尼又被后世称为“皇帝的制造者”。
蒙哥无疑是继铁木真之后又一位、奋发有为的领袖，在1259年 （南宋理宗开庆元年）8月间，他在亲领军队围攻今天四川的合川钓鱼城时，在阵前亡故。当时，他的弟弟忽必烈已经征服了大理国（今云南等地），正在率军猛攻 战略要塞鄂州（今湖北武昌），这位被一些蒙古人视为“汉化了”的人物，在中国和世界史上都有巨大而独特的影响力，也是后来黄金家族在中亚刀兵相见的主角儿 之一。
蒙哥去世后留下了三位一母同胞的亲弟弟：忽必烈、旭烈兀、阿里不哥。忽必烈一直协同蒙哥在汉地作战，他知道这块土地对黄金家族 的意义和价值不可估量；旭烈兀则在今天伊朗阿塞拜疆省首府的大不里士，正享受着他征服后的快感，对遥远的帝国汗位没有很大的兴趣；阿里不哥在拖雷的七个儿 子中年龄最小，按照幼子继承祖业的惯例，他在蒙哥即位后就被派往都城哈拉和林，负责统帅漠北蒙古军民，看守祖业。
早把汗位视作囊中之 物的忽必烈一直在精心准备，他的确更多地继承了祖父铁木真能征善战、父亲拖雷韬光养晦和母亲索鲁忽帖尼精明过人的基因。前文说过，早在1256年，他就悄 悄派人在今中国内蒙古正蓝旗以北，修建了完全汉族风格的、生活军备两相宜的开平府（以后改名改称上都），以备将来之用。
在对汉地作战中，他认真吸取了谋士们的意见，一方面减少杀戮、收买人心，一方面拉拢利用汉族豪强和地主武装，同时在土地肥沃、物产丰饶的山西、陕西、河南等地积极屯田、恢复农业生产，还在自己控制的地域发行纸钞，从而在实际上把帝国的财政经济命脉掌握在自己手里。
他还在平时非常注意对蒙哥言听计从，战争中又勇于冲锋陷阵，因此蒙哥汗在世时才会把漠南已经征服的汉地交由他治理。忽必烈还注重团结黄金家族中不同世系、不同门派的王公、大臣，最大限度地争取人心。
蒙哥死后，在长江岸边与南宋军队正厮杀得难解难分的忽必烈，第一时间从留在哈拉和林的妃子之一察必那里得到了信息，而且其弟阿里不哥已经在都城跃跃欲试 了。在谋士们的建议下，他迅速在火线上与南宋丞相达成协议：双方议和，以长江为界，大宋每年向蒙古方面纳白银20万两、绢20万匹。
阿里不哥也不是等闲之辈，他主张继续墨守成规，坚持蒙古人原有的社会制度和生活方式，因而在他的周围，以价值观为纽带，也聚集了对汉地不甚了了的术赤 系、察合台系、窝阔台系的不少蒙古宗王。他充分利用了自己长期盘踞都城哈拉和林的优势，派出霍鲁海、刘太平等亲信去陕、甘等地任职，而忽必烈派出的廉希宪 ，以谋反罪抓住并杀死了他们。忽必烈和阿里不哥的第一次交锋，以前者的胜出而告一段落。
阿里不哥又派出部队，分别南下燕京和西凉府附近，以求对忽必烈形成威慑。但忽必烈派出得以宗王合丹和汉族将领汪良臣等率领的精锐的蒙、汉联军，依靠强大而先进的武器和高昂的士气，一举击败了阿里不哥的军队，第二次交锋又以阿里不哥的失利而告终。
忽必烈在军事手段取得胜利的同时，还在汉族谋士郝经的建议下，派出精干军队星夜兼程，与已经扫除了燕京与上都附近阿里不哥势力的部队，在开平府顺利会 师。1260年3月（元世祖中统元年、南宋理宗景定元年），忽必烈在支持他的大批帝国东部宗王和少量西部宗王的支持下，在上都开平自行宣布即位，并按照汉 制，定当年为中统元年。
阿里不哥勃然大怒，因为在得知忽必烈准备登基之前，他还向后者派去了使者，要求按照黄金家族传统，在哈拉和林 举办忽里勒台大会来决定汗位继承人选，没承想倒被这位哥哥抢了先机。阿里不哥当然不甘示弱，他迅速于同年4月在哈拉和林召开了忽里勒台大会，在支持者的拥 戴下，也宣布自己成为蒙哥的继承人。
如果说以往的汗（皇）位之争更多地体现在以军事力量加上遵从东方民族家长制残余和原始民主等“软 实力”的较量的话，到了忽必烈时代，各方已经完全撕开了以往对汗（皇）位欲语还休的温情面纱，都以赤裸裸的诉求和迫切的行动来实现自己的目标，忽里勒台大 会在某种意义上已经失去了传统的本质和价值。
忽必烈与阿里不哥相争初期，后者的势力和势力不容小觑。一来，阿里不哥长期在蒙古高原经 营，而且按照惯例，蒙古本部军队中战斗力最强的军事力量长期驻扎在以哈拉和林为中心的高原地区，所以在军力对比上不见得就要向哥哥示弱；另一方面，哈拉和 林远远不同于汉地，是蒙古人中最守旧、最顽固群体的聚居地，作为幼子、幼弟的阿里不哥，天然就比长期疏于蒙古本部的忽必烈拥有影响力，再加上传国玉玺本来 就在蒙哥汗妃手里，而且在阿里不哥召集的忽里勒台大会上已经交与后者。
对哥哥素有戒心的阿里不哥首先发难，并得到了一大批蒙古王公贵 族的响应，他兵分两路南下进击忽必烈。但是历史不容假设，战争的结果还是忽必烈打败了阿里不哥。同年年末，忽必烈经过半年多的精心准备，又主动出击，亲率 大军北征哈拉和林，经历了失败洗礼的阿里不哥深知自己不是哥哥的对手，闻讯后迅速逃往杭爱山西边的谦谦州，漠北、辽东原先支持阿里不哥的东部蒙古诸王，此 时纷纷向忽必烈称臣。
1261年（元世祖中统二年、南宋理宗景定二年），阿里不哥假装归顺，却带兵进占哈拉和林，这一次，忽必烈没含 糊，利用漠北连年干旱、缺草少粮而自己的军队获得了汉地源源不断的供给的巨大优势，对漠北进行了贸易特别是粮食封锁，迫使阿里不哥于1264年向忽必烈投 降，后者处死了阿里不哥的党羽、蒙哥汗时的丞相孛鲁合等人，饶恕了阿里不哥本人。但阿里不哥还是在幽闭与愤懑中于1266年去世。
这 场为期4年的内战（1260年—1264年），在黄金家族内部来说也具有划时代的意义，它改变了过去内部矛盾中主要以长辈之命、家族协调为主要手段处理矛 盾的惯例，把赤裸裸的军事手段放在了解决问题的首位；更重要的是改变了过去术赤系和拖雷系联手对抗察合台系与窝阔台系的泾渭分明的历史，各系诸王纷纷登台 亮相，分别成为拖雷两个儿子的拥戴者。比如，阿里不哥初期的支持者中就有素来与拖雷系不睦的窝阔台系首领海都、察合台系首领阿鲁忽等人。
值得一提的是，另一位兄弟、远在波斯的旭烈兀对忽必烈的支持是至关重要的，这也为日后旭烈兀本人真正得以建立从属于蒙元帝国、但自己实质独立运作的伊儿 汗国奠定了基础。还有一点不容忽视，那就是占据中亚这块战略要地的察合台系首领阿鲁忽，在后期对阿里不哥的临阵倒戈，也是忽必烈最终成功的重要因素之一。
但是这场从1260年开始的同室操戈，是以后忽必烈及其孙子元成宗铁木尔与窝阔台系、察合台系，在中亚进行了长达49年的黄金家族内战的开始，那场长期混战的结果是，黄金家族已经公开分裂了。
第二节 中亚战端起于汗（皇）位之争 > 窝阔台系、察合台系对拖雷系的仇视已经不是新鲜事了。就在蒙哥在世时，因为帝国的军事 力量和主要关注点在于南征灭宋，所以中亚地区倒显得似乎平安无事。在十三世纪五十年代中后期，窝阔台第五子合失（早卒）之子海都，继承了窝阔台的大部分领 地，他对拖雷系从己方夺取了汗（皇）位继承权耿耿于怀，认为大汗之位当为他本人，于是借蒙哥无瑕注意中亚的时机，加紧招兵买卖、储备粮秣，准备伺机起事， 为了免除西面的后顾之忧，海都甚至不惜主动与术赤系后王交好，以全力以赴扩军备战，力图一举恢复窝阔台系的荣光。
在同一个时期，和窝 阔台系相对稳定不同，察合台系首领经过了几番演变：1242年察合台去世后，传位于在今阿富汗巴米扬阵亡的长子木秃干之子哈剌旭烈兀，很快由察合台次子也 速蒙哥即位，但到了1252年，由于他坚定支持窝阔台系，积极参与反对蒙哥继承汗（皇）的斗争，而被即位后的蒙哥下令于1252年处决。也速蒙哥去世后， 他美丽、聪慧而有主见的其子斡尔哈纳以监国的形式（监国至1261年），稳住了遭受蒙哥报复后的察合台系的局势。
到1259年蒙哥汗 在合川钓鱼城之战中亡故时，中亚地区实际上有两位强权人物，一位就是窝阔台的嫡孙海都，一位是察合台的次子媳斡尔哈纳，从辈分来讲，后者是前者的婶子，双 方依然保持了窝阔台、察合台传统的盟友关系，他们斗争的目标是在汉地的拖雷之子忽必烈与阿里不哥。拖雷两个儿子之争无疑给窝阔台系、察合台系后王以很大的 想象空间。
这样，让人匪夷所思的情况出现了：1259年蒙哥离开人世的消息一传出，以海都为代表的窝阔台系宗王们竟然拉下面子，和以 前老死不相往来的拖雷幼子阿里不哥打得火热起来，双方密使频繁往来，珍奇异宝互通有无，问寒问暖不一而足。原来，海都他们认为，占据哈拉和林和蒙古本部的 阿里不哥，必然会与拥兵自重的忽必烈为了汗位决一死战，如果自己帮助阿里不哥能把强悍的忽必烈消灭的话，那么拖雷一系自然元气大伤，即使阿里不哥即位了， 也必然成为窝阔台系的傀儡，日后，这偌大的帝国还是窝阔台系的天下。
阿里不哥当然急需得到宝贵的援助，他一面欣然接受了海都的“好 意”，一面把在哈拉和林拥戴自己称汗的察合台第三子贝达克之子阿鲁忽封为察合台汗王，结果没想到阿鲁忽到了领地后，鬼使神差般地与阿里不哥反目，转而向忽 必烈称臣。由于察合台汗王的反复无常，使得海都联合察合台系共同帮助阿里不哥的愿望落空了，海都只好率本部军马，前往蒙古高原与阿里不哥回合，与忽必烈的 军队进行作战。
由于窝阔台系在贵由寡妻斡兀立·海迷失被迫结束监国、将汗位交给拖雷系蒙哥以后，帝国的第三次西征以及对汉地的最后征 服都是由拖雷系为主操办的，窝阔台系显然已被排除在外，这样一来，他们基本上只是偏安于原先铁木真在世时给与他们的中亚一带的封地，对军国大事已疏懒多 年，大都过上了一种的寄生生活，所以，他们真的是低估了忽必烈本人的综合素质和其军队的战斗力，低估了忽必烈统一整个帝国的决心和勇气，更低估了 忽必烈所依靠的汉地的巨大经济实力、人力资源和斗争智慧。
所以，对阿里不哥的支持，最后得到的结果却：1264年七月，走投无路的阿里不哥灰只好溜溜地向忽必烈俯首称臣。在忽必烈和阿里不哥的拉锯战中，忽必烈强烈感受到了中亚窝阔台、察合台两系的威胁，战事随之将在更加广阔的范围展开。
第三节 谁也不能忽视中亚细亚 > 中亚细亚，作为欧亚大陆的中心地带，一直是兵家必争之地。这块土地，涵盖了包括今天中国、俄 罗斯、哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦、土库曼斯坦、吉尔吉斯斯坦、阿富汗、蒙古、伊朗等国家的全部或部分领土，在地形上，既有阿姆河、锡尔河、楚 河、叶尼塞河、鄂敏河等河流环绕的富庶的绿洲，也有阿尔泰山、杭爱山、兴都库什山、天山、乌拉尔山等山脉下水草丰美的一片片草原，还有蒙古高原、伊朗高 原、帕米尔高原等天然的战场。
远古时期，中亚就有了很高的文明，来自欧洲的雅利安人种，曾在这里留下了深深的痕迹，那些拥有古希腊- 罗马文明的定居者曾在这里建设了许多城邦。中国的和的，则被西方史学界称为当时中亚细亚的统治者，无数的汉族人民迁徙到中亚，给当地带去 了先进的农耕方式和工具，使得中亚的绿洲不断展现勃勃生机。
今天，从地图上我们可以清楚地看到，中亚这里是古老的陆上丝绸之路的必经 之地，是古往今来商贾们获取利益的主要通道。古老的游牧民族，如匈奴、突厥、契丹、蒙古等民族，无论是主动向西攻略，还是由于被汉地农耕文明打败后的西 逃，都必须经过此地。这里的战略地位还由于物产的丰富，既有沃野千里，可以提供源源不断的粮食；也有水草丰美的牧场，让中世纪以马为主的交通工具可以衣食 无忧。还有那座座大山，为人们抵挡来自西伯利亚寒冷空气提供了天然屏障，也是军事攻防的天然依托。正是因为这样的战略地位，各色人等“你方唱罢，我登 场”，造成这里的人种和宗教也非常复杂，雅利安-高加索白种人、黄种人不断混居融合，袄火教、萨满教、景教（基督教的一支）、佛教、伊斯兰教都在这里进行 过碰撞和交流。
从小在爷爷铁木真、父亲拖雷身边长大的忽必烈，其前期军事生涯虽然主要追随兄长蒙哥汗在征服汉地中度过，但他无疑是一位具有政治家、军事家、战略家为一体的领袖人物，自然清楚中亚细亚对于他本人和帝国的重要地位。
远的不说，就拿1266年阿里不哥死后的情形来看吧。忽必烈虽然已经基本控制了汉地及周边，并被忽里勒台大会推为大汗，但是主要的盟友、与拖雷系一向交 好的术赤系主要经营钦察草原和东欧诸地，一直顺从自己的弟弟旭烈兀远在波斯、阿塞拜疆一带，而自己直接控制的地域和他们之间，横亘着大片似乎不可逾越的障 碍，那就是传统封地在中亚的窝阔台系、察合台系，忽必烈感觉如鲠在喉般的不适。
> 第四节 忽必烈和海都叔侄二人价值观的对立 > 当时的客观形势也非常复杂。黄金家族起家时是典型的游牧民族，虽然同属蒙古人的 斡亦剌等部落（即后来北元时期的瓦剌部）是传统的“森林中的百姓”，其主体的人民还是以打猎、游牧为生。游牧民族的特点非常鲜明，逐草而居、逐水而生，他 们对城市的攻取的目的和以农耕为主的民族完全不同：不是为了占领，只是满足于抢掠有利于自己生存的物质财富。因为长期的游牧生活方式，使他们的生存主要依 托于老天爷的脸色—他们不生产粮食，生产力水平又比较低下，获取基本的淀粉类食物主要依靠劫掠手段。
所以到了忽必烈时代，除了术赤系 由于在蒙哥汗即位后出于报答，而基本不过问巴尔喀什湖以西以北术赤系领地事物外，其他地域包括中亚地区的城市，在忽必烈建立大元以后相当长的时间，还是由 逐代沿袭下来的由帝国派出的达鲁花赤（民政官、断事官）来治理，而中亚城市以外的牧场则主要由窝阔台系、察合台系宗王们作为铁木真时代的封地而统治着。
这种奇特的二元治理结构在黄金家族至少保持着面子上的和气的时候，似乎还没有什么问题，但经历了黄金家族内部忽必烈和阿里不哥的流血冲突以后，情况必然 会发生变化了。当然这里还有更深层次的原因，忽必烈承继汗位，与他的前世相比，已经发生了巨大的变化，主要表现在四个方面，其一，他是黄金家族中第一位主 要依靠军事斗争手段（尽管经过了忽里勒台大会的形式）上台的，并且逐步将皇（汗）位继承方式改为汉族的封建国家的模式；其二，他在黄金家族中放弃了蒙古人 视为“圣地”的都城哈拉和林，先迁都于更靠近中原的上都，进而定都于大都北京；其三，他建立了蒙古帝国和中国封建王朝元朝“二合一”体制的新型国家。
这第三点尤为重要。我们注意到，海都和忽必烈，同样是黄金家族中可圈可点的著名人物，史书上对海都的记述多是才智过人、打仗勇敢、待民以宽等等，不过， 与忽必烈不同的是，海都是守旧的蒙古传统观念的代表性人物，而忽必烈则是接受了汉地封建文明的蒙古人。只是历史的无奈和命运的造化，使得海都这位也具有深 谋远虑和雄才大略的宗王，遇到了比他强的对手忽必烈，最后只好认输。
如果说在蒙哥以前的汗位争夺，目的更为纯粹的话，海都对忽必烈的 反对，原因就更加复杂。一来，海都之父是窝阔台的第五子合失，深得父亲喜欢，只是不幸早亡。海都在中亚窝阔台的家族领地中，从小练就了很强的独立生存能力 和协调关系的手段，从小就有远大的抱负和理想，那就是恢复他爷爷窝阔台的荣光，把帝国的统治权从拖雷系手中夺回。二来呢，海都袭封的中亚地区，在忽必烈降 服了阿里不哥以后，成为其下一个战略目标，海都即使不想与忽必烈争锋，也不得已直面现实而进行军事动员。第三，海都本人具有强烈的个性和不可驯服的毅力， 在他支持的阿里不哥失败后，忽必烈屡屡征调他到汉地，并许以厚禄和土地，他都以“马瘦道远”而坚辞不往。第四，海都始终把自己当作正统黄金家族、正宗蒙古 人的化身，并以此深深地自豪，与汉化了的忽必烈形成了鲜明对比，对忽必烈把蒙古汗国改元为元朝有着强烈的、无法调和的反抗情结。
从根本上讲，忽必烈与海都叔侄反目的原因主要是价值观的巨大反差，以及作为载体的对帝国汗位的共同追求。
第五节 中亚内战后窝阔台系的消亡 > 海都的雄心壮志，对他的东方向来说，必然与忽必烈发生交锋，对他的西方向而言，会遇到察合台系领地的障碍。
窝阔台系和察合台系，自黄金家族建立蒙古大帝国以来，一直是坚固的联盟，两方从祖上的窝阔台被察合台力拥上台，到后来支持窝阔台之子贵由接班，察合台立 下了汗马功劳。但是，世间没有永恒的友谊，只有永远的利益取舍，什么死党、手足之情、海誓山盟、“同志加兄弟”等等，在巨大的利益面前都会灰飞烟灭。
对于黄金家族来说，“富不过三代”的箴言失去了意义，但“亲不过三代”，却在13-14世纪的中亚体现得淋漓尽致。
海都在理顺了窝阔台系的关系、顺利成为本系领袖后，首先对实力相对较弱的察合台系动手了。前面说过，蒙哥离世后，阿里不哥率先在哈拉和林称汗，为控制察 合台系和获取中亚军事、经济支持，他分封对自己拥戴有功的察合台嫡孙阿鲁忽为汗王，结果阿鲁忽回到中亚后，主要办了两件事：一个就是很快表示归顺忽必烈， 与阿里不哥一刀两断；另一个就是和时为监国的嫂子斡尔哈纳一见钟情，从而顺利成为察合台汗国的汗王。
阿鲁忽1266年去世后，哈剌旭 烈兀和斡尔哈纳之子木八剌（沙）即位，木八剌（沙）是黄金家族中第一位穆斯林汗王。此时，察合台汗国已经成为阿里不哥失败后，以忽必烈为代表的帝国中央政 府和以海都为代表的窝阔台系共同聚焦的中心，也是双方极力要控制的战略要地和财富中心。
于是，在得知阿鲁忽去世、木八剌（沙）即位的消息后，忽必烈以汗王年幼无知为名，派出在汉地生活多年的哈剌旭烈兀的另一个儿子八剌回归中亚，名为辅政，实为监控。
除了盟友关系，在领地方面也“唇齿相依”的海都，一刻也没有放松掌控察合台汗国的努力，结果据传说，在海都和木八剌（沙）一次蒙古人传统的狩猎活动中，后者竟然莫名其妙被海都惊吓而亡。
忽必烈顺势加封辅政的八剌为察合台汗王，并给予他实际控制汗国的权力，意在争取战略优势，制约海都和窝阔台系的势力。“上任”伊始的八剌，比较坚决地贯彻了忽必烈的旨意，利用海都与术赤系后王争夺草原牧场的机会，屡屡进袭海都的部下并多次得手。
但到了1267年—1269年间的时候，海都连忙向钦察汗忙哥铁木尔求和，然后合兵共同攻击八剌，击败了察合台系领袖八剌，海都连忙向钦察汗忙哥铁木尔 求和，然后合兵共同攻击八剌，并且将其打败。后来，在窝阔台系、察合台系诸王的调停下，双方握手言和，共同承诺恢复传统的盟友关系，一起对付忽必烈。
这位八剌汗，要论亲缘关系，是海都的堂侄，八剌的父亲哈剌旭烈兀，是察合台第三子贝达克的儿子，所以八剌是察合台的曾孙。八剌后来又去进攻西边伊儿汗国的呼罗珊地区，结果被旭烈兀长子阿巴斯汗打败并身亡，这是后话。
让我们再次回到1268年（元世祖至元五年、南宋度宗咸淳四年）。看到中亚形势危急的忽必烈派军首次正面迎战海都的军队，二者在今天中国新疆西北部展开 了数月的大战，以海都失败并西逃2000多里而结束。海都失败后，迅速收拢人马，很快又集结了一支训练有素、擅于战斗的6万人的军队。自感兵强马壮的海都 联合八剌，在中亚召开了一次有十余位窝阔台系、察合台系领袖参加的忽里勒台大会，公开宣布了忽必烈的“罪状”，他们还共同宣誓，要维护蒙古人传统的游牧风 俗、生活习惯和社会制度，反对忽必烈。
1275年（元世祖至元十二年、南宋恭帝德佑元年），在八剌汗进攻伊儿汗国呼罗珊地区被阿巴斯 汗击败身亡后，海都命自己儿子察巴尔辅立八剌之子都哇继任察合台汗。此后一段时间里，察合台汗的继承人选都由海都决定。窝阔台系实际控制了大部分原来属于 察合台系的领地，只把乌浒河（今阿姆河）外地留给了察合台汗室。
同年，忽必烈感受到海都的咄咄逼人，他决定进行第二次征伐，从汉地派 出了以自己的第四子那木罕王子为首的军队，在阿力麻里附近与海都展开了激战。大战正酣时，私下里同样觊觎帝国大汗的蒙哥汗之子昔里吉王子和脱脱木尔王子， 居然劫持了统帅那木罕，然后宣布拥护海都，并和钦察汗忙哥铁木尔等人一起，联兵一处，进军哈拉和林，途中，钦察汗忙哥铁木尔还操纵把昔里吉立为大汗。但有 意思的是，海都在昔里吉称汗后，坚决不予支持。
也不能怪海都不支持他们，毕竟人家海都忙活了半天，是为了自己窝阔台系取得汗位的，可昔里吉终究还是拖雷系的啊。其实我们也知道的，术赤系的钦察汗国一直对拖雷系是支持的，只是这次他们支持的是拖雷系的蒙哥一支而已。
忽必烈急了，连忙委派留守北京的大将军李庭带军迅速向北方哈拉和林方向展开。缺乏了海都大军支持的昔里吉不堪一击，1278年（元世祖至元十五年、南宋 卫王祥兴元年），他原先的拥护者、察合台系的撒尔班王子临阵叛变，抓住了昔里吉，并交给了忽必烈处置。看到没什么大便宜可占，钦察汗国也于1284年（元 世祖至元二十一年）向元朝称臣，并归还了早先扣留的忽必烈第四子那木罕。
这次危机让正忙于进攻南宋的忽必烈吃惊不小，毕竟，在黄金家族内，作为和拖雷系有着难解之怨的窝阔台系，在海都的整合下似乎焕发了生机，使得目光本来专注于灭亡南中国的忽必烈有芒刺在背之感。
还没有下最后决心经略中亚的忽必烈，暂时没有和海都“算总账”。海都在13世纪末期，依然是整个中亚的主人。经历了几次失利的海都，开始联络具有同样价 值观、希望保留蒙古人传统生活方式的黄金家族其他成员，1287年（元世祖至元二十四年），他和他曾祖父铁木真兄弟们的后裔，通过在中亚召开忽里勒台大会 的形式，结成了更大的反忽必烈联盟。
1279年（元世祖至元十六年、南宋卫王祥兴二年），陆秀夫背负九岁的小皇帝赵跳海而亡，标志 着南宋彻底归入历史。忽必烈此时已经拥有了几乎全部汉地的财富，他指挥大批军事物资源源不断地从南中国向北、向西、向东运送，蒙、汉步骑兵配合默契，配合 大量先进的武器装备，让忽必烈对海都的作战很有底气。
大将伯颜果然不负忽必烈的重托，携灭亡南宋的余威，率军一一击败了海都本部军队 和他的同盟军队，哈拉和林及中亚北部杭爱山脉一线重新回到了忽必烈的控制之下。1289年（元世祖至元二十六年），海都又一次主动进攻负责杭爱山一带守备 任务的忽必烈孙子甘麻剌（忽必烈早夭的太子真金的长子，未即位，被追封元显宗），结果忽必烈被迫不顾自己年迈，对海都进行了亲征并大败之，只是海都本人侥 幸逃脱了。
忽必烈1294年去世时，仍然没有最后看到海都被征服，那时，屡战屡败、屡败屡战的窝阔台系还是中亚的主人翁。这时，忽必烈的孙子、原皇储真金之子元成宗铁木尔即位后，继续和窝阔台系进行战争。
1297年—1298年间，即位时间不长但深知中亚重要性的铁木尔，派出他的女婿、汪古部落领袖阔里吉斯（基督教徒，现代译为乔治）率军西进中亚，不想被海都的附庸、察合台都哇汗偷袭后抓获，并被处死。
海都年事已高，但他还执著地坚持着自己的目标。1301年（元成宗大德五年），他率领窝阔台系、察合台系的联军，从中亚出发，向朝思暮想的哈拉和林进 军，在鄂尔浑河流域，他们遭到了以逸待劳多时的元军的痛击，被铁木尔的侄子、未来的元武宗海山击败，海都这次还是跑掉了，只是运气没有前几次那么好——在 撤退途中病逝。
海都的儿子察巴尔继承了窝阔台系的家产，他同样是积极的反对蒙元帝国中央政府的领袖，只是他完全不具备他父亲海都的水平，很快，他被察合台汗都哇说服了，1303年，两家一起派使臣到北京，向元成宗铁木尔表示了臣服。
故事到这里似乎结束了。
但是，很快中亚又发生了变故，都哇因为领地问题与察巴尔产生了纠纷，前者抓获了后者，并暂时抢占了窝阔台系的部分土地。在都哇汗1307年死后，察巴尔以为有机可乘，于是带兵攻打察合台汗国，却反被都哇之子怯别汗击败，无奈之下，察巴尔孤身一人，仓皇逃亡到北京避难。
黄金家族长达49年的中亚混战，从1260年窝阔台系海都、察合台系参与忽必烈和阿里不哥为争夺汗（皇）位而起的战端，到1309年窝阔台系察巴尔和察合台系怯伯汗先后向元成宗铁木尔上表臣服而告终，共历时49年。
这场中亚鏖兵，时间漫长、战争惨烈、意义深远：忽必烈和铁木尔虽然成功地巩固了拖雷系的帝国汗（皇）位传承权力，迫使钦察、窝阔台、察合台三系承认自己的宗主权，但是，元太祖铁木真所建立的帝国，尽管面积依然空前巨大，但已经实质上分裂了。
黄金家族这场内战的另一个结果，就是窝阔台系在中亚的领地从1269年—1309年，仅仅存在了40年就消失在历史的长河中——海都死后，其后人完全丧 失了海都的霸气、勇气和智慧，反被察合台系所控制，连海都之子察巴尔居然在中亚都没有立足之地，只能狼狈地逃往大都北京避难。
就这样，窝阔台系的领地被帝国中央政府和察合台汗国共同瓜分了，从此以后，察合台系成为中亚新的主人。> 在加上窝阔台系公然支持忽必烈的对立面阿里不哥，岂不是“罪加一等”？
