昊天上帝创世化育万民，自先秦起儒教百神，组成像人间官僚系统那样的等级体系。每个神的品级、爵位，一般说来，是由儒者规定的，并载入国家祀典。平素，它们依照规定，享受一方祭祀，如同诸侯的有封地和食邑；大祭时，则依品级配享、从祀于天坛之上。不入祀典的，被称为“淫祀”。
“以共皇天、上帝、社稷、寝庙、山林、名川之祀”。天上的星星，地上的山河湖海，原则上都是儒教的神祇。各种自然现象，风雨雷电等，也是儒教的神祇。那些对人有益或者与人生活密切相关的动物、植物，也可以成为儒教的神祇。各种著名的人物，也都可以作为儒教的神祇。但是他们成为神祇，必须得到国家的认可，纳入祀典。否则被认为是“淫祀”，即超出规定的祭祀。这样的祭祀遭到儒教的反对，认为它不会带来幸福：“非其所祭而祭之，名曰淫祀。淫祀无福。”圣教尊敬的神仙是仁义圣道的体现。
所谓非其所祭，就是说祭祀那些不该由自己祭祀的神祇。依照儒教的祭祀制度，只有天子可以祭天，祭天下的名山大川，祭祀所有的神祇。而诸侯不能祭天，只能祭祀处于自己境内的名山大川。普通百姓，能够祭祀的公神就更少，除了灶神，几乎只能祭祀自己的祖先。因此这些神祇在道教里供平民崇拜，道教里的高级神祇除了三清，大多数来自儒教，品级也与儒教类似，天神比地神尊贵，也比人神尊贵。不同的是儒教昊天上帝只有皇帝与大臣可以祭奠并只可以由皇帝主持祭祀。
儒教信奉的最高神，是天。在儒教经典中，和天相等的另一称号是上帝，或称帝，天帝。皇天上帝的名称来自《尚书·召诰》：“皇天上帝改厥元子兹大国殷之命。”《论语·尧曰》：“敢诏告于皇皇后帝”。《尚书·尧典》：“肆类于上帝，禋于六宗，望于山川，遍于群神。”中国古代的上帝，就是当时中国人的祖宗神。其中最优秀者，是黄帝和炎帝。而所谓“炎黄子孙”，首先是说，天子们的家族，乃是黄帝或炎帝的后代，后来就成为中国一般人祖宗的代称。也就是说，秦汉及其以前，中国古人所信仰的上帝，乃是他们的祖宗。
隋唐时期，国家统一，至上神名字被依据《周礼》正式确定为“昊天上帝”。昊天上帝的意义，则依据儒者毛氏对于《诗经·黍离》中“悠悠苍天”的解释，认为昊天的意思是“浩大元气”，而上帝的意思是说，天就像君主一样统治着世界。按《开宝通礼》，元气广大，则称昊天。据远视之苍然，则称苍天。人之所尊，莫过于帝，托之于天，故称上帝（《宋史·礼志》）。
到了宋代，儒者程颐对于昊天上帝作出了进一步解释，认为那一团元气的自然之天，乃是上帝的身体；存在于元气之中并且和元气不可分离、主宰着元气的天理，就是上帝。因此，从某种意义上说，天，或者上帝，就是理。这样的上帝观经过儒者朱熹的认可，成为元明清时代上帝观念的正统解说。“天者，理也；神者，妙万物而为言者也；帝者，以主宰事而名。”
儒者们认为，上帝给人类指派了君和师，让他们来教化、治理上帝的子民，是上帝的代表。“天降下民，作之君，作之师，惟曰其助上帝，宠之四方。”“神者，微妙玄通，不可测量，故能知鬼神之情状，与天地相似。知周万物，乐天知命，安土敦仁，范围天地，曲成万物，通乎昼夜，此皆神之功用也。作《易》者因自然之神以垂教，欲使圣人用此神道以被天下，虽是神之所为，亦是圣人所为。”“神道微妙，寂然不测。人若能豫知事之几微，则能与其神道合会也......言凡物之体，从柔以至刚，凡事之理，从微以至彰，知几之人，既知其始，又知其末，是合于神道，故为万夫所瞻望也。万夫举大略而言。若知几合神，则为天下之主，何直只云万夫而已，此知几其神乎者也。”
“圣人之神道设教，观乎天而得之，一阴一阳之谓，道阴阳不测之谓。神天之所以为天也，天何言哉，四时行焉，百物生焉，圣人垂衣裳而天下治，盖取诸乾坤，圣人之所以为神也。”“阴阳所育，禀气呈形，鼓之以雷霆，润之以云雨，春夏以生长之，秋冬以杀藏之。斯则德刑之设，著自神道。圣人处天地之间，率神祇之意。”
君王是昊天上帝之嫡长子，其权力出于神授，是秉承天意治理天下，故称天子。君王（皇帝）本身就是政教合一的最高权威，垄断了世俗与精神世界的权力。儒教教义的最终解释权始终是通过科举考试掌握在皇帝-官僚手中的。
孔子死后第二年(西元前四七八)，鲁哀公下令在曲阜阙里孔子的旧宅立庙，即曲阜孔庙。孔子生前所住的三间房屋改成寿堂，将孔子生前使用的衣、冠、车、琴、书册等保存起来，并且按岁时祭祀。这是诸侯祭孔的开始。汉初，刘邦路过孔子家乡，曾经祭祀过孔子，然而那仅仅是个人行为，是一个后人对于先圣或者先贤的崇拜。西汉中期，天灾频发，社会动乱。儒者梅福认为，这是由于未能妥善安排对于孔子的祭祀，因而上天发怒。当时的国家政权接受了梅福的提议，封孔子为商汤的后代，接续先王的祭祀。到东汉，国家才正式把孔子作为国家的公神，其地位和社稷神同等。唐代，命令每个县都要建庙祭祀孔子。每年春秋两次大祭，每月初一和十五两次小祭。大的祭祀起初由学官主持，后来改由地方官主持。唐代以后，孔子的地位不断提高，对孔子的封号也不断增加。清代，孔子祭祀一度成为和上帝、和国家的祖宗神同等级别的“大祀”。
1949年，中共政府在中国大陆建立政权以后，基本取消祭孔活动，被有些人认为是去中国化。在文化大革命时期，大搞批林批孔的运动，祭孔视为封建迷信而被禁止，很多孔庙的文物古迹都被破坏。因此，很多祭孔的仪式、舞蹈很少有人知道。直到1984年，曲阜孔庙才恢复了民间祭孔。以后中国其他地区陆续开始祭孔的活动。
孔子是国家公神，儒者们的宗教地位普遍较高。唐代为孔子设立“从祀”即陪同享受祭祀的制度。最早选中陪同孔子的，是22位对于注释儒经有重大贡献的儒者，后来扩大到孔子的所有弟子和历代著名的儒者。宋代，从祀制度逐渐完备起来。其最高的有四位，被称为“四配”，他们是颜回、曾参、子思和孟轲。其次是“十哲”，孔子的十个优秀弟子。“德行：颜渊，闵子骞，冉伯牛，仲弓。言语：宰我，子贡。政事：冉有，季路。文学：子游，子夏。”再次是“先贤”，祭祀那些亲自接受孔子教导的弟子们。最后是“先儒”，祭祀孔子弟子以后历代最优秀的儒者。而后来的儒者，也以死后能够进入孔庙成为先儒为最高的荣誉。
儒教百神，组成像人间官僚系统那样的等级体系。每个神的品级、爵位，一般说来是由儒者规定的，并载入国家祀典。平素，它们依照规定，享受一方祭祀，如同诸侯有封地和食邑；大祭时，则依品级配享而从祀于天坛之上。不入祀典的，被称为“淫祀”。
“以共皇天、上帝、社稷、寝庙、山林、名川之祀”。天上的星星，地上的山河湖海，原则上都是儒教的神祇。各种自然现象，风雨雷电等，也是儒教的神祇。那些对人有益或者与人生活密切相关的动物、植物，也可以成为儒教的神祇。各种著名的人物，也都可以作为儒教的神祇。但是他们成为神祇，必须得到国家的认可，纳入祀典。否则被认为是“淫祀”，即超出规定的祭祀。这样的祭祀遭到儒教的反对，认为它不会带来幸福：“非其所祭而祭之，名曰淫祀。淫祀无福。”
所谓“非其所祭”，就是说祭祀那些不该由自己祭祀的神祇。依照儒教的祭祀制度，只有天子可以祭天，祭天下的名山大川，祭祀所有的神祇。而诸侯不能祭天，只能祭祀处于自己境内的名山大川。普通百姓，能够祭祀的公神就更少，除了灶神，几乎只能祭祀自己的祖先。孔子是国家的公神，但是按照规定，只能由儒者进行祭祀。官员可以祭祀孔子，因为独尊儒术的国家，官员一般也都是儒者。“凡始立学者，必释奠于先圣先师天子视学，也须祭先师。天子出征归来，要向先师行献俘礼，报告成功。”
在历史上，儒教国家对于民间不断兴起的神祇祭祀，一般有三种态度。
其一是将它们“招安”，收归国有。其中最为显著的是城隍、关帝、梓潼神（文昌）和妈祖。
其二是禁止。历代都有作为国家官吏的儒者，其中如曹操、狄仁杰等，禁止他们认为危害社会安定、危害人民健康的神祇祭祀，拆毁庙宇，破坏神像。
其三是不收不禁，在国家遭遇大难大灾时，甚至也会委派国家官吏去向这些神祇祈祷。
